1934年4月下旬广昌失守后，中央红军在根据地内粉碎国民党军队的第五次“围剿”已极少可能。5月，中央书记处作出决定，准备将中央红军主力撤离根据地，并将这一决定上报共产国际。不久便得到共产国际的批准。但博古、李德等人仍未对转变战略方针作出决断，战略转移的准备工作只是在极少数中央领导人中秘密进行。成立了由博古、李德和周恩来组成的“三人团”。政治上由博古作主，军事上由李德作主，周恩来负责督促军事准备计划的实施。为了调动和牵制敌军，减轻国民党军队对中央根据地的压力，并准备实施战略转移，中共中央和中革军委决定红7军团北上、红6军团西进。
1934年10月10日，中央红军开始实行战略转移。朱德随中共中央、中革军委于当日傍晚由瑞金出发，踏上了漫漫长征路。此时朱德总司令年近48岁，他身着旧灰军装，腰插一支小手枪，脚踏草鞋，走在司令部队伍的最前面。按规定他可以配备担架和文件挑子，但为了节省人力，他只要了两匹马供乘用和驮行李文件。在长征中，他那匹骑乘的马实际上常常随康克清留在队伍后头用来驮乘伤病员。尽管中央红军遭受重大挫折，不少指战员踏上长征路时多有沮丧情绪，但身经百战的朱德却保持着革命乐观主义精神，沿路谈笑风生地给大家讲故事，鼓舞大家的革命情绪。
博古、李德等人在指挥中央红军实行战略转移时，又犯了退却中的逃跑主义错误。他们对战略转移这样的事关中央红军前途命运的大事，既不召开政治局会议研究，也不对广大指战员进行充分的政治动员工作。红军带着笨重的机器设备等物资，使战略转移变成了大搬家式的行动。朱德尽管是中革军委主席、红军总司令，但战略转移的主要领导权却掌握在博古、李德手中。朱德顾全大局，想方设法指挥部队，减少红军损失。仅10月23日这一天，由他本人签发给各军团负责人的军事电报就达15件之多。他向各军团通报敌情，部署各部队的行军和作战。要求部队在行动时须保持高度的机密性，在大兵团集中运动与战备行军条件下，必须隐蔽露营，加强行军中的政治工作及卫生救护和收容等。
10月18日，红军主力由于都南渡赣水后，按照朱德总司令发布的突围作战命令，于21日晚从赣县王母渡至信丰县新田间突破国民党军的第一道封锁线，而后再过信丰河，向湘粤边境转进。11月8日，红军主力全部通过国民党军在汝城至城口间的第二道封锁线，进入湘南。
红军之所以能够较顺利地通过国民党军的第一、二道封锁线，主要有两个原因：一是长征开始后国民党当局没有摸清红军的行动意图，防范较松；二是在红军出发前，红军和国民党南路军总司令陈济棠部秘密达成合作反蒋抗日的协定。在与国民党南路军总司令陈济棠签订秘密协定过程中，朱德做了大量工作。1934年7月间，陈济棠秘密派人到苏区接洽，表示赞成中共同全中国武装队伍联合起来共同抗日的主张，愿意经过谈判来协调双方的关系。9月底，朱德亲笔致信陈济棠：先生与贵部已申合作反蒋抗日之意，德等当无不欢迎。情势日急，日寇已跃跃欲试于华南，蒋军则增兵于赣闽，福建事变，可为殷鉴，若不急起图之，则非特两广苟安之局难保，抑且亡国指日可待。信中并提出双方停止作战行动等五项建议。10月初，红军代表潘汉年和何长工带着周恩来以朱德名义起草的介绍信，到寻乌附近的一个山村同陈济棠部代表进行谈判，达成就地停战、互通情报、解除封锁、相互通商和必要时互相借道等五项协议。
当红军长征时，陈济棠履行了相互借道的秘密协定，让开大路40里，在他的防区内没有对红军进行堵截。致使红军主力得以顺利地通过国民党军的第一、二两道封锁线。这是朱德等领导人根据党的统一战线政策，利用陈济棠和蒋介石之间的矛盾，为中央红军主力顺利地通过国民党军两道封锁线的经典之作。
11月7日，朱德发布于宜章北之良田及宜章东南之平石间通过国民党军第三道封锁线的命令。红军遂分三路带着“坛坛罐罐”艰难地突破国民党军的第三道封锁线，进入广西湘江地域。此时，蒋介石察觉了中央红军主力西征的意图，调集了数十万大军，兵分五路前堵后追，企图一举将红军消灭在湘江之侧。11月中旬，红军兵分两路进入桂北地区。11月25日，朱德向红军各军团、纵队发布命令，指出：国民党军队的企图是在湘江阻止我们，并从两翼突击我们。针对敌之企图，朱德作出全军分四个纵队从兴安、全州之间强渡湘江的部署。此时，兴安、全州一线正是湘江封锁线的薄弱环节，对于红军抢渡湘江十分有利。令人遗憾的是，由于部队携带的笨重物资太多，行动迟缓，坐失良机。
湘江之战是关系到中央红军生死存亡的关键一战。红军广大指战员同国民党军队展开了殊死的决战。11月27日，红军的先头部队渡过湘江并控制了渡河点。但因部队前后相距200里，特别是庞大的中央纵队和军委纵队共1.4万多人，有1000多副担子，被战斗部队夹护在约100多里长的狭窄通道里，行动迟缓，尚未过江，即遭到优势敌军的夹击。在这险恶情势下，朱德临危不惧，与周恩来一起指挥部队抗击敌军，掩护中央纵队和军委纵队渡江。担任掩护任务的部队，为掩护中央领导机关和其他部队过江，付出极大牺牲。湘江之战，是中央红军长征以来最为惨烈的一战。红军以饥饿疲惫之师，血战5昼夜，终于在12月1日渡过湘江，突破了国民党军队的第四道封锁线，粉碎了蒋介石围歼中央红军于湘江以东的企图。但红军也为此付出了极为惨重的代价。中央红军和中央机关人员由出发时的8.6万人锐减至3万余人。
红军付出的巨大代价，引起朱德的深思。当他总结这一阶段的教训时沉重地说：对于突围没有丝毫经验。长征就像搬家一样，什么都搬起来走，结果太累赘，很吃亏。来的新兵没有来得及补充到团里、营里去，没有带过兵的人，就会搞空头计划，他们不知道没有训练过的新兵，不跟着老兵怎么走，让新兵去搬运东西——整个司令部、党政机关、干部都很重要，连印刷机、兵工机器都搬出去。结果，一个直属队就有1万多，所以需要的掩护部队也就更多了。
朱德吸取了这血的教训，与周恩来、王稼祥于12月4日发布《后方机关进行缩编的命令》。部队抛弃了笨重物资设备，从而保证了部队能够轻装前进。红军过了湘江后，继续西进，进入峰峦叠嶂的西延、龙胜山区。此时，红军又面临着天上国民党军的飞机轰炸扫射，脚下山险路滑，又常遇到反动民团的骚扰，使部队行军更加艰难。
12月上旬，红军再入湖南境内。此时，国民党当局已判断出红军将北上湘西同红2、6军团会合的意图，便加紧在城步、新宁、通道、绥宁、靖县、武岗、芷江、黔阳、洪江等地构筑碉堡线，集结重兵把守，企图一举歼灭红军。博古、李德无视敌情，仍然坚持按原定与红2、6军团会合的计划前进。致使红军又处于万分危急的关头。在这生死攸关的时刻，毛泽东根据敌我双方的军事态势，提出中央红军放弃北上同红2、6军团会合的原定计划，立即转向敌人军事力量比较薄弱的贵州，力争在运动中打几个胜仗，以扭转红军突围以来的被动局面。
1934年12月12日，中共中央负责人在湖南通道举行紧急会议。参加会的多数同志赞成和支持毛泽东提出的转向贵州前进的建议。中央红军突然转向贵州，完全出乎蒋介石的意料，一下子把国民党十几万军队甩在湘西，使中央红军赢得了战略上的主动。15日，中央红军攻占黎平后，部队得到了长征以来首次休整的机会。此时，博古、李德依然主张中央红军北去湘西同红2、6军团会合。于是，中共中央政治局又于18日在黎平召开会议，讨论研究今后红军的战略方向问题。会上发生了激烈的急论。朱德对长征以来的挫折和教训使他对毛泽东更加信服，非常赞成毛泽东的意见。他和周恩来、张闻天、王稼祥等多数同志站在一起，否定了博古、李德要中央红军去湘西同红2、6军团会合的错误主张。会议通过了《中央政治局关于战略方针之决定》。决定指出：鉴于目前所形成之情况，政治局认为过去在湘西创立新的苏维埃根据地的决定在目前已经是不可能的，并且是不适宜的。新的根据地应是在川黔地区，在最初应以遵义为中心之地区。中央政治局这一中央红军长征战略方向的重大转变，使中央红军避免陷入绝境，并开始从被动局面中摆脱出来。朱德坚决执行中央政治局黎平会议确定的战略方针。
19日，朱德和周恩来向全军发出《军委执行中央政治局十二月十八日决议之通电》，通电对红军今后的行动作出明确部署，命令部队兵分两路，从西北方向转朝贵州腹地的剑河、台拱以至施秉、黄平地域推进，并要求红2、6军团和红四方面军积极活动，钳制湘军和川军，以策应中央红军西进。12月底，中央红军到达乌江南岸瓮安县猴场一带。朱德于12月31日连续电令：3军团应迅速渡过乌江，1军团限当日上午8时全部渡江完毕，军委纵队限当日上午10时渡江完毕。此时，博古、李德再次提出中央红军不渡乌江，回头东进同红2、6军团会合的意见。为此，中央政治局于1935年1月1日在猴场召开会议。会议否定了博古、李德的主张，决定强渡乌江。会议通过了《关于渡江后新的行动方针的决定》。这个决定提出首先在遵义为中心的黔北地区，然后向川南创建川黔边新的根据地的战略任务。会议还决定：关于作战方针，以及作战时间与地点的选择，军委必须向政治局会议作出报告，以加强政治局对军委的领导。这个决定，实际上剥夺了博古、李德的军事指挥权。
1935年1月2～6日，中央红军兵分三路渡过乌江天险。7日，红军先头部队袭占遵义城，其他部队陆续进入。中央红军进驻遵义城，受到当地群众的热烈欢迎。12日下午，遵义万余群众在遵义省立中学操场上举行集会，朱德在大会上首先发表演讲，向群众阐明红军是工农的队伍，宣传红军的三大纪律八项注意，宣传红军愿意联合国内各党派、军队和一切力量共同抗日的主张。随后，毛泽东、李富春及遵义群众代表也讲了话。会后，朱德还参加了红军篮球队和遵义三中篮球队进行的友谊比赛。
中央红军在对敌第五次围剿进行的战斗中屡次失利，几乎濒于绝境，这与中央红军前四次反“围剿”胜利发展的情景形成鲜明的对照。错误和挫折教育了红军广大指战员，使他们逐步认识到，这是排斥以毛泽东为代表的正确领导，执行错误的军事指导方针的结果。在中央红军开始长征途中，毛泽东对王稼祥、张闻天等红军领导人反复进行深入细致的工作，分析第五次反“围剿”和长征开始以来中央在军事指导上的错误。毛泽东的意见逐步得到王稼祥、张闻天、周恩来、朱德等多数中央领导人的赞成。在此形势下，党中央政治局召开一次会议，总结经验教训，纠正党中央领导上的错误的时机已经成熟。
1935年1月15～17日，中央政治局在遵义老城枇杷桥原柏辉章住处的楼上召开扩大会议，此即著名的遵义会议。朱德出席了这次会议。会议主要议题是总结中央红军第五次反“围剿”和长征中军事指挥上的经验教训。会上，毛泽东针对博古的总结报告作了长篇发言，他批评博古把第五次反“围剿”失败的原因主要归结于敌强我弱的客观原因，剖析了“左”倾军事路线实行消极防御战略方针的错误及其表现，如进攻时的冒险主义，防御时的保守主义，转移时的逃跑主义。毛泽东在发言中还阐述了中国革命战争的特点和由此而产生的战略战术问题。
会上，朱德态度鲜明地支持毛泽东的正确意见，对博古、李德在军事上的错误路线给予严厉的批评。他在发言中，声色俱厉地追究博古、李德在军事上瞎指挥，给中央红军造成的巨大损失的严重错误，谴责临时中央排斥毛泽东同志，依靠外国人李德瞎指挥，致使丢掉根据地、部队伤亡惨重。他在发言时，还非常激动地指出：如果继续这样的领导，我们就不能再跟着走下去。
遵义会议最后指定张闻天负责起草决议，委托常委审查，然后发到支部讨论。张闻天在会后根据与会多数同志特别是毛泽东发言的意见，起草了《中央关于反对敌人五次“围剿”的总结的决议》。这个决议，在中共中央离开遵义到达云南扎西（今威信）县境后召开的会议上正式通过。该决议充分地肯定了毛泽东等指挥红军多次取得反“围剿”胜利所采取的战略战术的基本原则，明确指出博古、李德在军事上的单纯防御路线，是我们不能粉碎敌人第五次反“围剿”的主要原因。在敌大我小、敌强我弱的条件下，我们的战略路线应该是决战防御（攻势防御），集中优势兵力，选择敌人的弱点，在运动战中，有把握地去消灭敌人的一部或大部，以各个击破敌人，以彻底粉碎敌人的“围剿”。然而在反对第五次“围剿”的战争中却以单纯防御路线一（或专守防御）代替了决战防御，以阵地战堡垒战代替了运动战，并以所谓“短促突击”的战术原则来支持这种单纯防御的战略路线。这就使敌人持久战与堡垒主义的战略战术达到了目的。决议还指出，在战略转变与实行突围的问题上，博古、李德同样犯了原则上的错误。他们没有及时转变内线作战的战略方针，实行战略上的退却，以保持主力红军的有生力量，从而贻误了时机。在突围中，采取基本上不是坚决的与战斗的，而是一种惊慌失措的逃跑以及搬家式的行动。
遵义会议根据形势的变化，改变了黎平会议先以黔北为中心、再去川南创建根据地的决议，决定红军渡过长江在成都之西南或西北地区建立根据地。会后，又根据敌情的变化，决定中央红军在川滇黔三省广大地区创造新的根据地。
遵义会议改组了中央领导机构，毛泽东被增选为政治局常委。会议决定取消在长征前成立的“三人团”，仍由最高军事首长朱德、周恩来为军事指挥者，而周恩来是党内委托的对于指挥军事下最后决心的负责者。此后，在中央红军转战途中，于2月5日在滇黔交界的一个“鸡鸣三省”的村子，中央政治局常委进行分工。根据毛泽东的提议，决定由张闻天代替博古在在中央负总责（习惯上也称之为总书记）、毛泽东为周恩来在军事指挥上的帮助者，博古改任总政治部代理主任。3月4日，中革军委在第二次进驻遵义后设置前敌指挥部，以朱德为司令员，毛泽东为政治委员。3月中旬，在贵州鸭溪、苟坝一带，成立由毛泽东、周恩来、王稼祥组成的新的“三人团”，以周恩来为团长，负责指挥全军的军事行动。这样，实际上形成了以毛泽东为核心的新的中央的正确领导。这是中国革命在几乎陷于绝境的危险时刻作出的关键性抉择，挽救了党、挽救了红军。26年后，朱德在缅怀这一伟大的历史转折时仍十分动情地写下了这样的诗句：
群龙得首自腾翔，路线精通走一行；
左右偏差能纠正，天空无限任飞扬。
遵义会议后，朱德和毛泽东、周恩来协力配合，指挥3万中央红军驰骋在云贵川高原上，与数十万围追堵截的国民党军队展开机动灵活的运动战。经过四渡赤水战役，中央红军终于跳出敌人的围堵圈，开始由被动变为主动。
1935年1月24日，红一军团进占土城，并继续向赤水县推进。27日，中革军委到达土城时，获悉川军刘湘的模范师一部4个团正尾追红军，向土城袭来，毛泽东决定，利用土城以东山谷夹峙的有利地形，歼灭该敌。他责成彭德怀统一指挥红3、5军团进行这一战斗，以红9军团及红2师担任预备队。28日晨5时战斗打响，经几个小时的激战没能取得较大战果。这时发现情报有误，原来以为川军是4个团约六七千人，实际上是6个团约万余人，而且敌增援部队还在不断涌来。川军倚仗优势兵力和优于红军的武器装备，突破红五军团的阵地，步步向土城进逼。如果不能把敌挡住，后面是赤水河，红军将被迫背水作战，后果难以设想。
在这危急时刻，朱德决定亲临前线指挥。毛泽东考虑到朱德的安全，没有同意。朱德把帽子一脱，说：得罗，老伙计，不要光考虑我个人的安全。只要红军胜利，区区一个朱德又何惜！敌人的枪是打不中朱德的！无奈，毛泽东终于点头同意了。朱德和刘伯承亲临前线直接指挥战斗，给苦战中的红军指战员以极大鼓舞，终于顶住了川军的一次次冲锋。此刻，毛泽东通知奔袭赤水县的红一军团急速返回增援，并令陈赓、宋任穷率军委纵队的干部团急赴前线，发起反冲锋。朱德亲自到干部团指挥，终于打退了川军的进攻，巩固了阵地。当晚，毛泽东和政治局的几位主要领导人开会研究，决定改变由赤水北上、从泸州至宜宾之间北渡长江的计划，迅速撤出土城战斗，渡赤水河西进。朱德、刘伯承仍留前线指挥，周恩来负责在次日天亮前架好抢渡赤水河的浮桥，陈云负责安置伤员和处理军委纵队的笨重物资。
1月29日3时，朱德发出《一渡赤水河的行动命令》后，随即重返前线指挥战斗，掩护全军西渡赤水河。他来到红四团的阵地时，恰巧红一军团政治部组织部长萧华也在该团阵地。据萧华回忆：当时天下着雨，刘湘的模范师向我们阵地压来，朱老总手提驳壳枪，来到我们这里亲自指挥，掩护大部队过河。我很担心朱总的安全，几次劝他撤下去，都被他拒绝了。他一直同我们坚持到天黑，才和我们一起渡过赤水河。
在长征途中，朱德曾多次在危急时刻亲莅前线，化险为夷。越是在危险的时候，他越是镇静、从容。红军一渡赤水进入川南的古蔺、叙水地区时，川军有12个旅沿长江两岸严密布防，薛岳部和黔军也向川南急进。在这样的情势下，红军北渡长江已不可能。于是中央政治局召开扩大会，决定利用国民党军队主力和注意力都集中在川南一线，而黔北比较空虚的时机，突然折向黔北。根据会议决定，朱德和周恩来、王稼祥于2月10日发布《中革军委关于各军团缩编的命令》。命令指出：为了适应目前战斗的需要，并充实各连队的战斗力，以便有利地消灭敌人的有生力量，便于连续作战，军委特决定实行缩编各军团的战斗单位。命令规定了缩编的具体方案。2月15日，朱德电令各军团以东渡赤水河、消灭王家烈军的主要作战目标。2月18～21日，红军在川黔交界的太平渡、二郎滩二渡赤水河，重入贵州、红军克桐梓、夺娄山关、再取遵义，并在遵义城外重创国民党军吴奇伟、王家烈部。这次遵义战役，中央红军共歼灭国民党军2个师又8个团，俘敌约3000人，取得了中央红军长征以来的第一个大胜利。为了鼓舞士气，扩大红军的影响，朱德致电红九军团，要求他们在桐梓附近多贴捷报，召集群众开祝捷大会。
中央红军的遵义大捷，使蒋介石极为震惊。他飞抵重庆，准备以重兵将中央红军围歼于遵义地区。3月4日，中革军委决定组成前敌指挥部，朱德为司令员，毛泽东为政治委员。朱德和毛泽东、周恩来故意指挥中央红军在遵义地区徘徊，而当国民党军队被诱赶来时突然掉头西进，于3月16日经茅台三渡赤水河，再次进入川南，并作出准备从该地北渡长江的架势。为了进一步迷惑敌人，红军以一部继续佯攻古蔺，主力则神速掉头东归，于3月21日晚在太平渡、二郎滩、九溪口四渡赤水河。中央红军抢渡赤水河后，立即南渡乌江，把国民党军的重兵全部甩在赤水河西和乌江以北，完全跳出了国民党军的合击圈。
中央红军南渡乌江后，开辟了进军云南、从金沙江北渡入川的前景。为了实现这一战略目标，中央红军采取声东击西的战术，以一部向黔东方向佯动，作出东进湖南同红2、6军团会合的姿态，主力却直趋贵阳。正在贵阳督战的蒋介石急忙调滇军3个旅赶往贵阳协防。滇军主力被调出，红军进军云南的门户已经敞开。4月7日，朱德电令林彪、聂荣臻从贵阳、龙里之间南进。4月8日，红军以一部佯攻贵阳，以一部佯攻龙里，主力在第二天则从贵阳至龙里间穿过湘黔公路，以120里的昼夜行军速度向云南疾进。红军乘滇军入黔之际，直趋云南省会昆明，目的是让驻守滇北的国民党军回援昆明，使金沙江南岸的国民党守军兵力空虚。这一目的达到，中央红军在昆明附近虚晃一枪，随即出人意料地大踏步北转，直奔金沙江。中央红军靠7条小船在皎平渡往返，经过6昼夜，于5月8日全部胜利渡过金沙江。
红军巧渡金沙江后，一下子将尾追的国民党军队甩在江南，行程相距一个多星期。5月12日，中央政治局在会理召开扩大会议。林彪等对四渡赤水到北渡金沙江的迂回机动的运动战表示不满，他甚至给中央三人小组写信，要求朱德、毛泽东下台。毛泽东在会上批评林彪说：你是个娃娃，你懂得什么？在这个时候，直接跟敌人硬顶不可行，绕点圈子，多走点路，这是必要的。朱德和周恩来也严肃批评林彪，肯定毛泽东的指挥是正确的。会理会议决定红军继续西进，越过大渡河，同红四方面军会合。
5月21日，中央红军到达彝族地区的冕宁县。朱德在群众大会上发表讲话。他说：彝、汉是一家，穷人要团结起来，打倒蒋介石和四川军阀，才能过上好日子。他还以红军总司令部的名义发布《中国工农红军布告》：
中国工农红军，解放弱小民族；
一切彝汉平民，都是兄弟骨肉。
可恨四川军阀，压迫彝人太毒；
苛捐杂税重重，又复妄加杀戮。
红军万里长征，所向势如破竹；
今已来到川西，尊重彝人风俗。
军纪十分严明，不动一丝一粟；
粮食公平购买，价钱交付十足。
凡我彝人群众，且莫怀疑畏缩；
赶快团结起来，共把军阀驱逐。
设立彝人政府，彝族管理彝族；
真正平等自由，再不受人欺辱。
希望努力宣传，将此广播西蜀。
以朱德名义发布的这个布告，在彝族群众中产生了广泛的影响。担任先遣任务的红军总参谋长刘伯承，根据党的民族政策，同彝族沽基部落首领小叶丹歃血为盟。红军得到彝族群众的信任与帮助，顺利通过大凉山地区，到达大渡河南岸的安顺场。5月25日红军先遣队十七勇士冒着敌军的枪林弹雨渡过波涛汹涌的大渡河，攻占了对岸渡口。大渡河水深流急，无法架桥，仅凭只有的一条小船无法保证几万红军按时渡河。毛泽东、朱德等领导人决定以急行军抢占大渡河上游另一个渡河点泸定桥。朱德立即命令红1军团第1师及干部团为右纵队，沿大渡河东岸北上；红1军团指挥部、第20师主力和红5军团为左纵队，沿大渡河西岸北上，同时向泸定桥急进。29日，红军先头部队进抵泸定桥，并抢占全桥。随后赶到的朱德，亲自指挥红军部队跨过泸定桥。至此，蒋介石要“朱德、毛泽东成为石达开第二”的妄想宣告彻底破灭。
1935年5月12日，中央政治局在会理县城附近的铁厂举行扩大会议，研究红军今后军事行动问题。会议决定中央红军继续北上，并对林彪等人怀疑毛泽东的领导，不同意机动作战的主张进行了批评。6月中旬，中央红军翻越长征途中第一座大雪山——夹金山，到达懋功地区，与红四方面军胜利会合。3万左右的中央红军与拥有8万之众的红四方面军胜利会合，极大地增强了红军的力量，使两个方面军的广大指战员都感到格外兴奋。6月25日，朱德和毛泽东、周恩来、张闻天等来到懋功以北的两河口，以迎接从杂谷脑（今理县县城）前来会见的红四方面军领导人张国焘等。当日，在大雨滂沱中举行了红1、4方面军会师大会。朱德和张国焘先后发表讲话。朱德在讲话中热情赞扬了红四方面军从鄂豫皖到川陕根据地屡挫强敌、发展壮大的英勇业绩。并指出：两大主力红军的会合，不仅是中国无产阶级的胜利，也是全世界无产阶级和一切劳苦群众的胜利！张国焘讲话时，语气傲慢，流露出与党中央的北上方针相左的意向。这就给两军会师后的欢乐投下了阴影。
党中央为了统一思想，进一步明确两军会会后的战略方针，于6月26日在两河口举行政治局扩大会议。会上，周恩来作目前战略方针的报告，指出：懋松理地区的经济条件和群众条件都不利于红军主力在这里建立根据地，向东、向南和向西北都不可能得到发展，应该北上到川陕甘建立根据地。毛泽东、朱德等发言，同意北上川陕甘建立根据地的发展战略。朱德讲话强调：要迅速打出松潘，进占甘南。主张两个方面军要统一指挥，一致行动去打击敌人，并要从政治上保障战争的胜利。张国焘在会上也表示同意北上的方针。会议最后通过《关于一、四方面军会合后的战略方针的决定》，明确两个方面军今后的战略方针是集中主力向北，在运动战中大量消灭敌人，首先取得甘肃南部，以创建川陕甘苏区根据地；为了实现这一战略方针，在战役上必须首先集中主力打击与消灭胡宗南部，夺取松潘并控制松潘以北地区，使主力能够顺利向甘南挺进。
为了增进红1、4方面军的团结与友谊，团结张国焘一道工作，朱德在两河口时曾诚恳地与张国焘彻夜长谈。动员他去指挥部队攻占松潘地区，夺取战略要点，借以打开北进的道路。但张国焘借口敌军工事过于强大，一口回绝。
中革军委根据两河口会议的决定，于6月29日拟定了《松潘战役计划》，规定一、四方面军组成左、中、右三路纵队和岷江支队，准备趁国民党军堵截部队刚到松潘、立足未稳的机会，迅速、坚决地攻占松潘，并控制松潘以北及东北各条道路。按照这一计划，朱德立即率领红一方面军从懋功一带北上翻越梦笔山、长板山、打鼓山、拖罗岗等几座大雪山，先头部队于7月16日攻占靠近松潘的毛儿盖。
尽管张国焘在两河口会议上表示同意北上的战略方针，但迟迟不执行《松潘战役计划》，在原地按兵不动。他自以为自己拥有8万之众的部队，而中央红军只有3万人，个人野心进一步膨胀。两河口会议后，他致电党中央提出另一套主张：一方面军南下打大炮山、北取阿坝，以一部向西康发展；四方面军北打松潘，东扣岷江，南掠天（全）、芦（山）、灌（县）、邛（崃）、大（邑）、名（山）。并要求党中央速决统一指挥的组织问题。还唆使他的追随者要求改组中革军委和红军总部，由张国焘担任军委主席并给以独断专行的权力，企图将整个红军置于张国焘的掌控之下。
7月10日，红军总部到达芦花后，四方面军却迟迟没有按计力跟进。朱德和毛泽东、周恩来立刻致电张国焘，望他按预定计划迅速北上。为了争取张国焘，维护两大主力红军的团结统一，共同北上，中央政治局于18日接受周恩来的提议，将红军总政治委员一职改由张国焘担任。当日，中央军委发出通知：仍以中革军委主席朱德兼任总司令，并任张国焘为总政治委员。一、四方面军会合后，一切军队均由中国工农红军总司令、总政委直接统帅指挥。20日，中革军委又将红一方面军1、3、5、9军团分别改为1、3、5、32军，四方面军4、9、30、31、33军番号不变。并决定组建前敌总指挥部，以徐向前兼前敌总指挥，陈昌浩兼政委，叶剑英任参谋长。
7月中旬，张国焘才率领红四方面军到达芦花。7月21～22日，中央政治局在芦花召开会议，听取四方面军的情况汇报。朱德在发言中肯定了四方面军在创建根据地、扩大红军力量、多次打破敌人“围剿”等方面所取得的成绩。同时，也分析了四方面军在军队政治工作、地方工作以及战略战术配合等方面存在的缺点与不足，希望加以总结改进。朱德在发言中极力克制自己的情绪，没有提出尖锐的批评。因为他深知，红军正在作战期间，一切服从战争的需要，暂缓讨论军事以外的问题。野心极度膨胀的张国焘根本听不进朱德的意见，散布“中央政治路线有问题”，“中央红军的损失应由中央负责”，“军事指挥不统一”等流言蜚语，暗地里加紧进行反中央的分裂活动。
朱德为了维护一、四方面军的团结统一，总是多讲四方面军的长处，多说鼓励的话，并推心置腹以诚相待，因而很快受到四方面军指战员的拥戴。据徐向前回忆：朱德认为四方面军的干部年轻、有朝气，部队生龙活虎，纪律严明，是一支难得的有战斗力的队伍。希望一、四方面军相互学习，取长补短，团结一心，渡过眼前的困难，争取更大的发展。他的这些话，完全是顾全大局的肺腑之言，给我留下难忘的印象。朱总司令作风朴实，宽厚大度，平易近人，为接近过他并与他共事的干部、战士所称道。
由于张国焘一再拖延北上的战略行动，致使当朱德和红军总部、中央机关于7月底到达毛儿盖时，形势的发展变化对红军极为不利：国民党军主力胡宗南部已在松潘集中，基本上完成了堡垒线的构筑，并控制了经松潘北去的大道，原来担任追击红军的敌薛岳部和川军也从东南方向压来。军委原定的松潘战役计划已难以实现。根据形势的发展变化，中革军委于8月初决定以红军主力西指阿坝，北进夏河地区，争取在洮河流域消灭阻敌，进入甘南。8月3日，中革军委制定《夏（河）洮（河）战役计划》，决定将一、四方面军混合编成左、右两路军北上。8月4～6日，中央政治局在沙窝召开会议，讨论研究一、四方面军会合后的形势与任务。会议作出决议，重申北上抗日、创建川陕甘革命根据地的方针是正确的，而加强一、四方面军的团结是实现这个方针的基本条件。一切有意无意的破坏一、四方面军团结一致的倾向，都是对于红军有害，对于敌人有利的。决议同时强调一、四方面军必须进一步加强党的绝对领导，反对过高地估计敌人力量、对革命前途悲观失望的右倾动摇。朱德在沙窝会议上发言时指出：两个主力红军会合后的力量增强了，创造川陕甘苏区是有把握的，要提高自信心，克服各种困难去战胜敌人。对一、四方面军，不能轻率地说谁好谁坏，存在缺点是可以改进的。
沙窝会议后，按照中央的分工，朱德和总参谋长刘伯承率总部赴左路军集结地卓克基。至此，朱德暂时告别多年来并肩作战的毛泽东、周恩来等领导人，开始直接与张国焘共事打交道。朱德与党内同志打交道一向以宽宏大度、谦虚礼让而著称。但要与张国焘共事打交道，朱德深知可不是一件容易的事。一、四方面军会师后，特别是张国焘担任红军总政委后，他目空一切，专擅用权，排斥总司令和参谋长，而以个人意志挟制红军总部领导，进而同党中央对抗。
朱德、张国焘和刘伯承率总部去左路军后，接党中央来电，准备改变主力经阿坝北上的方案。因此，要求一、四方面军主力均宜走右路。左路阿坝，只出支队，掩护后方前进。但张国焘不同意党中央的决定，更听不进朱德的劝说，仍坚持西出阿坝，甚至提出深入青海、宁夏、新疆的主张。无奈，中央政治局于8月20日在毛儿盖索花寺再次召开会议，会议通过《关于目前战略方针的补充决定》。决定指出：企图使红军主力西渡黄河，深入青、宁、新僻地是不适当的，是极不利的，是错误的，是一个危险的退却方针。要求红军迅速夺取以岷州为中心的洮河流域，向东发展，以创造川陕甘革命根据地。会议改变了夏洮战役计划的具体部署，变右路军为北进主力，要求左路军向右路军靠拢。会后，党中央和前敌指挥部立刻率领右路军进入艰难的草地行军，同时将毛儿盖索花寺政治局会议的决定电告张国焘和朱德。8月底，党中央率右路军走出草地，在班佑、巴西、阿西、包座地区等待左路军到来。
朱德遵照党中央的部署指挥左路军先头部队于8月21日攻占阿坝，但张国焘却无视党中央关于左路军向右路军靠拢的决定，在阿坝按兵不动。在党中央一再催促和朱德的极力劝说下，张国焘方与朱德率领左路军第1纵队于8月30日向东进入草地，向班佑前进，同时向位于卓克基、马尔康等地的第2纵队发出北进向右路军靠拢的命令。左路军进入草地后的第三天，张国焘以噶曲河涨水为由，拒绝继续穿过草地到班佑与右路军会合。他独断专行以“朱、张”的名义致电党中央：嘎曲河涨水，上游侦查七十里，亦不能徒涉和架桥，各部粮食只能够吃三天，茫茫草地，前进不能，坐待自毙，无向导，决于明晨分三天全部赶回阿坝。朱德和刘伯承坚持左路军应向右路军靠拢，共同北上。为了搞清噶曲河的水情，朱德亲自来到河边堪察。当朱德了解到噶曲河水最深处只有齐马肚子深，部队完全可以徒涉的情况后，多次向张国焘提出过河北上。但张国焘却按兵不动。这样，朱德同张国焘之间发生了严重的争执。据时任总部一局一科参谋陈明义回忆：在总部的一个帐篷里，张国焘和他的秘书长黄超同朱德争吵，要朱德同意南下，态度很激烈。我当时是总部一局一科参谋，不知道他们吵得对不对，但总觉得他们用这样态度对待总司令不对。张国焘还煽动个别人员给朱总施加压力，但朱总一直很镇静，他说他是一个共产党员，要服从中央，不能同意南下。
张国焘不顾朱德、刘伯承的反对，重新布置左路军的行动，并于9月5日电令正要北上的第2纵队就地巩固阵地，备粮待命。
在张国焘坚持南下的那些日子，等待在巴西的党中央几乎天天开会，谋求妥善解决的办法。随右路军行动的徐向前、陈昌浩也致电朱德、张国焘，要求以不分散主力为原则，左路军速来北进为上策，右路军南去为下策。但张国焘一意孤行，于9月8日以“朱、张”的名义致电徐向前和陈昌浩，要右路军准备南下。当晚，中央政治局向左路军发电，要求左路军迅速北上，如果南下，则前途将极端不利。
朱德接到党中央的电报后，力主左路军应该执行中央北上的命令。但张国焘不听朱德的劝阻，又于9月9日单独用个人的名义致电徐向前、陈昌浩并转中央，坚持他的南下的主张。党中央当即回电张国焘：北上方针决不应改变，左路军应速即北上。
9月10日凌晨，中共中央得知张国焘背着党中央电令右路军南下，企图分裂和危害党中央的情况后，为贯彻北上方针，避免红军内部可能发生的冲突，果断地决定率1、3军先行北上。11日，党中央再致电张国焘，指令他立刻率左路军向班佑、巴西开进，不得违误。张国焘无视党中央对他的一再争取，反于12日亲拟电致1、3军领导人，声称1、3军单独东出，将成无止境地逃跑，要1、3军速归。朱德断然拒绝在这个电报上签字。
在朱德的军旅生涯中，他经历过许许多多的坎坷和磨难，但从没有像在左路军那样心情沉重。在与张国焘右倾分裂行为斗争的极端艰难的时刻，朱德暗下决心，跟着这支队伍，哪怕遇到再多的艰难曲折，也要把它最终带到党的正确路线上来。
左路军折回阿坝后，张国焘立刻大造反对党中央的舆论，并实施对朱德的围攻。张国焘在川康省委及红军中党的活动分子会上攻击党中央率1、3军北上是“逃跑主义”，极力鼓吹南下。一些人跟着张国焘起哄，要朱德当众表态：“同毛泽东向北逃跑的错误划清界限”、“反对北上，拥护南下”。张国焘也逼着朱德表态。
朱德面对张国焘等人的无理围攻，非常镇定地说：党中央北上的方针是正确的。北上决议我在政治局会议上是举过手赞成的，不能出尔反尔。我是共产党员，我的义务是执行党的决定。并再次告诫张国焘等人；南下是没有出路的！这时有人冲着朱德大喊：既然你拥护北上，那你现在就走、快走！朱德非常从容地说，我是党中央派到这里工作的，既然你们坚持南下，我只好跟着你们去。当刘伯承看到张国焘等人如此蛮横地围攻朱德，挺身而出，非常激动地质问张国焘等人：现在不是开党的会议吗？你们怎么能这样对待朱总司令！刘伯承的话音刚落，张国焘等人又把攻击的目标转向刘伯承。刘伯承紧紧地同朱德站在一起，旗帜鲜明地表示拥护党中央北上方针的坚定立场。
9月17日，张国焘发布南下命令。左路军和右路军中的4军、30军分别由阿坝、包座地区南下，于10月初集中到卓克基、马尔康、松岗和党坝一线。10月5日，张国焘在四川省理番县卓木碉召开高级干部会议，公然另立党的“中央”、“中央政府”、“中央军委”、“团中央”，宣布“毛泽东、周恩来、博古、洛甫应撤销工作，开除中央委员及党籍，并下令通缉”。12月5日，张国焘狂妄地要求中共中央“不得再冒用党中央的名义”，只能称北方局，中华苏维埃共和国中央政府只能称陕甘政府，红一方面军只能称北路军。至此，张国焘分裂党、分裂红军的行动发展到登峰造极的地步。
面对张国焘分裂党和红军的行为，朱德坚持原则的坚定性和策略的灵活性。他心平气和地跟张国焘等人说：大敌当前，要讲团结嘛！天下红军是一家。中国工农红军是在党中央统一领导下，是个整体。大家都知道、我们这个“朱毛”，在一起好多年，全国全世界都闻名。要我这个“朱”去反“毛”，我可做不到呀！不论发生多大的事，都是红军内部的问题，大家要冷静，要找出解决问题的办法来，可不能叫蒋介石看我们的热闹！
卓木碉会议后，朱德的处境更加艰难。他和刘伯承住在一起，没有行动的自由。朱德深沉地跟刘伯承说：过去军阀混战时，死是不值得的。现在为党的利益奋斗而死，是可以的。当然，个人是无所谓的，可是任事情这样发展下去，对整个革命不利呀！
由于朱德和刘伯承在红军中享有极高的威望，张国焘没敢对他们采取极端行动。不久，朱德被派到前方部队去，刘伯承则被调至红军大学工作。朱德到前方部队后，利用各种机会做广大指战员的思想工作。他要求随左路军行动的原红一方面军5、9军团指战员，一定要坚持真理，坚持斗争，坚决拥护党中央北上方针，但要讲究正确的斗争方法，要顾全大局，要讲革命团结。四方面军广大指战员都是好的，革命的，都是我们的阶级兄弟。眼前的困难曲折总会能克服的。他还设法同四方面军的干部战士接触谈心，包括当面辱骂过他的人。朱德平易近人的作风、恢宏凝重的态度、循循善诱的话语，赢得了广大指战员的敬重。朱德还设法保护由于不同意张国焘南下、反对张国焘分裂党和红军而遭受其迫害的同志。
由于张国焘拒不执行党中央北上的正确方针，顽固坚持南下，致使红四方面军由南下时的8万人，经几个月的苦战锐减到4万余人。挫折和失败使四方面军广大指战员受到教育，逐渐认识到张国焘的南下方针是错误的。
朱德在左路军工作这段艰难的日子里，历经磨难。它坚持高度的原则性，绝不轻率地采取任何决裂的做法，努力说服争取教育四方面军广大指战员。当四方面军重新北上再度同党中央会合时，他动情地对红5军团政治委员李卓然说：你看，现在还是党的路线胜利了。如果我在初时不忍耐，就不能取得以后在四方面军工作的地位，那么就不能说服四方面军干部了。
1935年12月30日晚，朱德致电毛泽东、彭德怀等，介绍四方面有关情况。这是朱德随左路军行动后首次以个人名义给党中央发电，因为红军总部的通讯联络机构已被张国焘严密控制。毛泽东等接电后十分兴奋。毛泽东、朱德等领导人深知，要把两支革命力量再汇聚到一起，关键问题是要排除张国焘分裂主义的障碍。朱德为此深感自己的责任重大。转折的时机终于到来了。
1935年2月16日，中共驻共产国际代表团成员张浩从陕北致电张国焘：说明“共产国际派我来解决一、四方面军问题”。1936年1月24日，张浩又致电张国焘说：共产国际完全同意中国共产党中央的政治路线，中央红军的万里长征是胜利了。来电没有承认张国焘自立的“中央”，而要他成立西南局，对中央在原则问题上的争论可提交共产国际解决。张浩代表共产国际给张国焘的电报，对张国焘起到了一定的约束作用，一些跟着张国焘跑的人也表示服从共产国际的决定。孤家寡人的张国焘不得不表示“急谋党内统一”。朱德和刘伯承等趁机做张国焘的工作，要他取消自立的“中央”，服从党中央的领导。1936年1月27日，张国焘致电陕北，要求“和此间同时改为西北局和西南局”。党中央回电拒绝了张国焘这一无理要求，但作为过渡办法，同意西南局直属共产国际中共代表团领导，暂时同陕北党中央发生横向关系。
1936年2月，国民党当局增调重兵向天全、芦山地区发动大举进攻，张国焘被迫不断率部西撤。2月中下旬，四方面军陆续撤离天全、芦山、宝兴地区，向康北地区的道孚、炉霍、甘孜进军。四方面军进入甘孜地区时，部队减员过半，只剩下4万余人，而且给养极其困难。此时，张国焘的南下方针在实践中已宣告失败。
就在四方面军遭受重大损失和处境非常困难的情况下，党中央从陕北不断把各方面的情况电告红四方面军，要求其继续北上。红四方面军广大指战员要求北上抗日与党中央会合的愿望，以及对张国焘的分裂行为的不满情绪日益增长。从莫斯科回到陕北的张浩，也以中共驻共产国际代表团的名义对张国焘进行帮助。朱德、刘伯承不断劝说张国焘取消他另立的“中央”，北上与党中央会合。任弼时、贺龙领导的红2、6军团，也即将到达甘孜地区。在这种情况下，张国焘被迫同意北上，并于1936年6月6日宣布取消他另立的“中央”。
1936年2月下旬，年近50岁的朱德率领红四方面军先后翻过3000多米高的雪山夹金山和5000多米高的雪山党岭山。红四方面军进入康北地区后，为策应红2、6军团北进，决定在该地区停留一段时间。
红2、6军团于1935年11月开始长征。11月19日，红2、6军团为争取主动，在任弼时、贺龙、关向应、萧克、王震等领导下，从桑植地区出发，开始实行战略转移。1936年1月进入黔东石阡、镇原、黄平地区。由于国民党军队四面紧逼，部队又向黔西、大定、毕节等地转移。3月下旬，部队到这盘县、亦子孔地区。3月30日，红2、6军团接到朱德总司令、张国焘总政治委员的电报，命令他们北渡金沙江同位于甘孜地区的红四方面军会师。红2、6军团立即离开盘县地区向西急进，渡过金沙江，翻越大雪山，于7月2日到达甘孜地区，与红四方面军会师。会师后，党中央指令红2、6军团合编为红二方面军（红32军编入），任命贺龙为总指挥，任弼时为政治委员，萧克为副总指挥，关向应为副政治委员。此时，张国焘虽已取消另立的“中央”，但并没有改变同党中央对抗的立场。他企图拉拢红2、6军团领导人站在他的一边，遭到红2、6军团领导人的坚决抵制。在朱德、刘伯承、任弼时、贺龙、关向应等力争下，红2、4方面军决定共同北上，同党中央和红一方面军会合。
7月上旬，红二、四方面军从甘孜出发，于8月到达甘肃南部。中共中央和中革军委为了促成抗日民族统一战线，迎接全国的抗日高潮，已于8月提出三支红军主力会师后，合力夺取宁夏的战役计划，以巩固和扩大西北根据地，并打通与苏联的交通，形成西北抗日局面，进而出兵绥远，推动全国大规模抗战的实现。9月14日，中共中央和中革军委为此要求进抵甘南的红四方面军立即占领隆德、静宁、会宁、通渭地区，控制西（安）兰（州）大道，与在固原西部的红一方面军部队靠近，阻止胡宗南部西进；同时，派聂荣臻、左权率部到西兰公路以北，迎接红二、四方面军北上会师，争取两个月后夺取宁夏。但张国焘此时又对北进方针发生动摇，于9月21日命令红四方面军撤离通渭等地，掉头西进，打算迅速从兰州以西永靖、循化一带过黄河，进到凉州、永登地区。后经党中央的耐心说服并命令，以及朱德和红四方面军一些领导人的抵制和斗争，加之在兰州以西渡河困难等因素，张国焘只好放弃这一打算。9月下旬，红四方面军继续北进。
10月9日，朱德率领红四方面军指挥部到达会宁。当他见到党中央派来的一方面军部队时十分激动，禁不住热泪盈眶。21日，红二方面军领导人贺龙、任弼时、关向应、刘伯承在平锋镇与红一方面军第一军团代理军团长左权、政治委员聂荣臻会面。22日、23日，红二、六军团分别在将台堡、兴隆镇同红一方面军会师。至此，红二、四方面军完成了长征。历时两年的中国工农红军长征终于取得了伟大胜利。
长征胜利了，但我们永远不应忘记朱德在长征中所付出的艰辛，所遭受的磨难，所发挥的巨大作用；永远不应忘记朱德为中国工农红军长征的胜利所作出的重大贡献。我们要永远向朱德学习为了中国革命的胜利勇往直前、赴汤蹈火、在所不惜的革命精神。