2009年，京东获得B轮融资款2100万美元，刘强东开始苦修内功，迎接快速增长的订单所带来的物流及其他挑战。与此同时，电商市场的火爆引得各路金融资本和产业资本大佬垂涎欲滴，纷纷把自己的手伸进这个市场。京东周围，强敌环视，电商战国已然到来！
2008年，京东在快车道上急驶，对资金的需求量越来越大。8月，刘强东再次找到了汉能投资，让对方牵线安排融资。
2008年9月15日，美国第四大投资银行雷曼兄弟公司宣布申请破产保护。受美国市场影响，活跃在中国的各路风险投资人都将资金撤回美国本土，投资人也变得越发保守起来。
京东本来是门庭若市，很多投资人上门参观、调研，甚至有一个投资者都跟他握手，准备草签协议。但就在此时，金融危机爆发，于是，谈好的价格再次被压低，刘强东一下子就火了：“不跟你做了，没诚信！”随后，投资人全都不见了，他们都集中精力搞已经投资的公司，形势的突然变化把刘强东吓坏了，他整整两个晚上没有睡着。
在融资上，刘强东有一点背运，A轮融资，安彩集团答应投资了，但突然出现亏损，收回原有投资，搞得刘强东很狼狈。B轮融资，原本大好的形势，谁想碰上了金融危机，融资又受阻。
“山重水复疑无路，柳暗花明又一村”，当年10月，香港著名金融家梁伯韬在上海听刘强东的演讲，当场决定以私人方式投资京东。他看好京东的商业模式和刘强东的发展思路，他不要求董事会席位，也不过问价格，只占一点点京东股份，纯粹是财务投资。
刘强东对梁伯韬说，价格都没有确定，梁伯韬告诉他，价格他不管，别人给什么价格，他就跟什么价格。刘强东难却好意，最后接受了梁伯韬100万美元投资。梁伯韬在金融界的人脉关系是刘强东看重的。
12月底，刘强东跑到澳门与投资人谈融资计划，这次谈判很顺利。2009年1月，今日资本、雄牛资本及亚洲投资银行家梁伯韬的私人公司对京东商城联合注资2100万美元。
雄牛资本能够投资京东，让刘强东很开心。雄牛资本成立于2008年6月，基金合伙人对3C市场非常了解，在3C领域有着10年以上的管理经验，见证了国美、苏宁的发展，京东商城是雄牛基金“百富勤大中华资本增值基金”在中国内地的首个项目。
1月12日上午，2100万美元的投资转到了京东的银行账户上。刘强东终于松了一口气，这才允许手下向外发布新闻稿。此轮投资，京东估值较今日资本2006年11月给的估值增长了近10倍。
融资时，刘强东对于融资合同条款非常谨慎，他聘请国内、香港和美国的三大知名律师事务所把关。几百页的合同，每一页都要签字，仅这一项工作就进行了4个多小时。刘强东要求一定要说清楚哪些是投资者可以在法律上有效反对的，比如最核心的股权变动、企业借款达到一定规模等保护投资者利益的条款，除此之外运营层面他们任何权力都没有；投资者哪些反对在法律上是无效的，刘强东可以选择不接受。曾经有投资者希望给京东任命一些高管，但经过谈判，这些提议最后几乎都被刘强东拒绝了。
随着B轮融资到位，京东董事会也开始扩容。在今日资本进入之初，董事会拥有三个席位，京东占有两席。B轮融资之后，席位增至五个，资本共占两席，京东仍保持多数。这后来成为刘强东的一个原则：董事会席位随着融资的步伐不断增加，但京东永远比资本多一席。直到现在，京东融资的第一大原则都是保证刘强东对公司的控制权，一定要占董事会多数席位。
对于这点，刘强东很坚持，如果投资人不认可他这一条件，大可以不投资京东。而且，刘强东从来没有委任其他内部董事，他只要一举手，就可以代表三票或是五票。刘强东非常反感投资人对他的决策和管理行为指手画脚，他认为投资人大可以把钱给他后，做个甩手大掌柜。
刘强东融资拿到钱后最想做的事情就是夯实京东的物流体系，赢利不是他当时考虑的问题，追求规模是摆在首要位置的，他认为京东规模越大越安全，当京东销售额突破500亿元时，他才会觉得京东是安全的。而追求规模，必须要有物流体系和信息系统的支撑。刘强东遭遇2009年春节爆仓事件后，深刻认识到物流对B2C公司的重要性。在以前，他一直无法理解，美国亚马逊在实现赢利之前怎么能花掉了10亿美元？对于网上商城这种模式，刘强东觉得不需要花很多钱，A轮融资时他认为有1000万美元就足够了，因为京东商城现金流非常好，2008年第三季度现金流已经为正，还有一些利润。但是在这个春节之后，刘强东终于明白，B2C平台的物流需要巨额的投资，美国亚马逊当年也是将大量的资金投向了物流平台，才有了今天的成功。
2009年初，刘强东通过猎头找来曾在顺丰快递工作的高管张立民担任物流负责人，他向张立民提出了“211限时达”的设想，即上午11时前提交现货订单，当日送达；夜里11时前提交的现货订单第二天上午送达。
2009年3月5日，京东投资2000万元在上海组建上海圆迈快递公司。在2009年春节放假前，京东就已给所有员工下达了紧急任务，要求每个员工推荐家乡的亲朋好友春节后来公司上班，而包干落户到每个高管身上的推荐指标为10个人，刘强东当时计划2009年招聘超过1200人。
自建物流配送队伍，虽然成本会提高，但刘强东认为，通过对物流干线、尾端城市最后一公里的优化，有助于培养京东商城自建的配送团队。他算过一笔账，2000单是京东在一个城市是否自建物流的平衡点。没到这个数，成本就远远高于外包第三方公司。超过5000单时，京东商城的成本就能够比外包低20%。比如在北京，当时京东每单的物流成本只略高于5元，而外包至少8元。
除大量招聘快递人员外，京东也大量升级物流设备，提高物流配送效率。比如为仓库配置RF条码扫描器，为快递员配备移动POS机，并增加GPS功能。使用POS机后，消费者刷卡消费之后，系统就能自动接收完成支付的信息，同时物流人员的移动过程也能观测到，可以更为准确地估算配送时间。刘强东直言，POS刷卡不仅为消费者提供了方便、安全的支付环境，而且消费者刷卡后货款在几秒之内就会转到公司账上，企业可获得较好的现金流，且存放在银行里的现金可以吃利息。当时，京东的订单中有80%是通过POS机完成支付的，2010年这一比例提高到90%。
京东计划2009年在天津、苏州、杭州、南京、深圳、宁波、无锡、济南、武汉、厦门等40余座重点城市建立城市配送站，为用户提供物流配送、货到付款、移动POS刷卡、上门取换件服务。
张近东在2009年也开始发力电子商务。苏宁电器与IBM达成合作协议，正式为B2C立项。苏宁终于意识到，B2C电商模式是未来零售业潮流。苏宁同样认为，要做好电商，就必须建立完善的供应链、物流网络、信息系统和服务平台。苏宁电器在线下已经投入了这些资源：在采购规模上，线上、线下统一采购；采购人员对产品有很深的认知；统一物流的基础；售后服务、维修网点的覆盖。而其他单纯的B2C企业还需要多走好几步才能弥补这方面的先天不足。
2009年4月，在2008年11月上线日用百货频道的基础上，京东商城开始对日用百货品类全面扩容，包括家居用品、厨房用具、钟表首饰甚至服饰鞋帽等品类产品开始在京东商城上销售。京东开始从专注3C细分领域的“小众品牌”转型为综合性“大众品牌”。刘强东对京东商城的重新定位是成为“以家庭为核心用户，围绕家庭的需求，销售3C产品和日用百货的综合类电子商务公司”。
2009年，在金融危机冲击下，上至中央政府，下至各省区政府纷纷出台政策，扶持网络购物行业发展。这一年，商务部发布《关于加快流通领域电子商务发展的意见》要求各地商务部门扶持电子商务发展，并提到“十二五”期末（2015年），力争网络购物交易额占中国社会消费品零售总额的比重提高到5%以上。此外，上海、广东、成都等地也纷纷出台政策，扶持网络购物行业发展。国家扶持吹响资本进军电商的号角。
从这一年开始，京东犹如加装了两台引擎的飞机，保持高速增长。2009年6月18日，京东11周年庆典当天销售额突破3000万元，有效订单高达45000张。但令人尴尬的是，京东的利润却少得可怜。其实这不奇怪，刘强东拿到融资款时就已经打定主意，暂时要规模不要效益。这也是投资人的要求，他们希望京东把注意力放在商城的增长率和规模上，年增长率达到100%。京东能使成本与毛利率略微持平就可以。比如，如果维持运营的成本需要5个百分点，那么就把毛利率定在5个百分点。
其实，京东除了暂时无法赚取销售差价外，还是有其他的赢利途径的，它并不是一点钱都不赚。
当时，京东通过广告、品牌促销、专场活动等收益可以获得30%的利润，2008年广告费为几十万元，到2009年年中，广告费收入已超过1000万元。京东会向一些首发产品的商家收取一定的推广费用。刘强东认为，广告、信息将是京东利润的突破口。
而京东自主研发的信息系统也是一笔可获利的资源。京东商城2008年在信息系统方面的投入是1370万元，2009年投入超过2000万元。通过信息系统，除出售一些收费的信息调查和报告外，京东还会为供货商提供一个预采购的平台。京东可以将某商品过去的销售数字、消费者点击数量、标签、路径、浏览次数、停留时间等成百上千个参数，按一定的权重进行汇总计算，得出采购信息，反馈给付费的客户，帮助客户进行产品开发和销售。京东采购系统的准确率达到了95%。供货商只要把自己的信息系统和京东的系统进行链接，就可以直接在自己的系统上查看数据。
现金流再投资也是京东获利的一种方式。沃尔玛利润的40%都是现金流再投资收益，可见现金流对零售企业的重要性。提高库存周转率可以获得更多的现金流，很多电商对此没有深刻的认识，而刘强东对此有深入的研究。电商不断提高库存周转率就可以减少与供货商之间的结算账期，从而获得供货商更好的供货和更低的价格，这有利于降低销售成本，增加销售量，反过来可以获得更多的现金流，再用现金流进行再投资获利。
此外，返点也是京东获得收益的一种途径。这种模式的核心是能从品牌商手里拿到尽可能低的供货价格，同时要有庞大的销售量。所以，京东特别重视直接与品牌商展开合作，因为这样才可以获得有利的资源支持和返点政策。当网站上一个产品的日订单稳定在500个以上，京东就会绕过经销商试探性地与厂商接触，以取得直接进货权。2009年时，已有500多家品牌商进驻京东商城，80%采取直供。直供并不代表得到最好的价格，只有销量越大才能获得厂商越多的返点。所以，京东把追求规模放在第一位，这样既可以抢占市场占有率，又可以获得厂家的返点支持。
京东做大了之后，刘强东赚钱的方式就更多了。当国美、苏宁纷纷败下阵来，供货商、消费者都要受制于京东，刘强东完全可以降低供货商的进货价，抬高销售价格，赚取更多的进销差价，从而获得巨额利润。当京东的销量达到100亿元时，它只要涨价1%，就有1亿元的利润，如果它未来的销售规模达到1000亿元，同样涨价1%，就可以获得10亿元利润，而到那时，消费者根本感觉不出来它涨了价。
2009年9月，京东北京、上海、广州的库房升级，库房面积分别增加到3万平方米、3.6万平方米、2.2万平方米。这一批新库房投入使用，可以满足京东年销售额150亿～170亿元的需求。
12月8日，刘强东与上海嘉定工业区签署投资协议，在该区建设占地260亩（17.33公顷）的京东商城华东大区总部，并建一座15万～18万平方米的仓库，成为京东全国最大的单体仓储中心。
2010年6月，刘强东算了一笔账，京东有两大成本：仓储成本和配送成本。配送取决于油价和运输距离，很难控制，尤其当规模扩大以后，配送管理水平若跟不上，费用就可能急剧增加，导致一夜之间崩盘。
京东开始大规模启动下一阶段的仓库建设计划，他要建一座单体10万平方米的仓库，这相当于北京T3航站楼的候机厅大小。为此，他招聘了几个土木工程系的硕士生，把他们送到建筑公司培训，以待后用。
其实对于是买地建库房还是租库房，京东内部会议上曾有过激烈的争论。部分高管赞同租库房，不同意自建。他们认为，买地建库房一次性投入太高，而租来的仓库也能满足当前需求，京东应该把资金投入到更加紧迫的短板问题上，比如配送、信息技术等。
但京东物流负责人姜海东和财务副总裁陈生强却都坚持要自建库房。姜海东认为，租来的库房，面积、供电、采暖等基本设施都不符合要求，只能是权宜之计，不利于仓储管理体系的投入和建设，特别是与京东未来的发展规模不匹配。
陈生强则从财务的角度认为，公司未来要上市，需要固定资产，如果仓储物流都外包的话，公司的固定资产几乎没有，只剩下办公桌椅和IT设备等。如果自建库房，土地就是非常重要的固定资产。
刘强东经过计算得出，在每一个大区域建一个仓储中心，覆盖这一区域，超出范围的不送，这样可把配送费用控制在合理范围内。仓库建设和买地的一次性投入是沉没成本（已经付出且不可收回的成本），但分摊到未来150亿元，甚至300亿元销售额上就微乎其微了。
2009年11月20日，刘强东带着CFO和助理，赶回到江苏宿迁老家，参加京东商城位于江苏省宿迁市宿豫区的全国客服中心落成仪式，宿迁市政府的头面人物都到场祝贺。宿迁市政府为了招到京东这只“金凤凰”，下了很多血本，不但为京东减免税收，还对京东三幢办公楼免租金5年。
新落成的京东全国客服中心总建筑面积达6000平方米，拥有400个坐席，可以为客户提供7×12小时的服务，以呼入、呼出、IVR（互动式语音应答）服务为主要服务形式，服务项目包括订单咨询业务、修改、取消、价格保护、售后服务等各类咨询服务项目，全年电话服务量预计可达400万通。
其实在新客服中心落成之前，京东在京、沪、广三地都有客服中心，2008年开始，随着京东订单数量的增多，分散的客户服务中心已经难以满足服务需求。京东需要提供统一标准的客户服务，建立新客服中心势在必行。而且，刘强东测算过，建立集中式的客服中心可以节省30%～40%的人力成本。
京东一直没有开发淘宝旺旺、腾讯QQ这样的即时通讯工具，客户如果有问题只能打电话找客服，在业务繁忙的时候，京东的客服电话经常占线，让客户等得不耐烦。刘强东虽然要求技术人员开发功能，为客户提供实时追踪商品的发货、快递过程，但这只能解决部分物流问题，其他问题，客户不得不通过电话咨询（2012年1月，京东在线客服开始试运行）。
刘强东把客户中心建在江苏宿迁，也有培养子弟兵的想法。他认为，客服中心不仅为客户提供咨询服务，同时还是京东商城重要的人才库。客服人员在长期的工作中，对公司的流程业务、专业知识、项目规划流程、应变能力及收集客户需求等各个环节将有更深入的了解和掌握，员工的综合素质将得到全面提高，这些客服人员都将成为京东的后备人才。
不过，这个项目后来在发展的过程中遇到问题：在宿迁当地很难招聘到会讲普通话的客服人员。最终，刘强东不得不从四川招聘客服人员前往宿迁工作，这被京东内部员工看成是他拍脑袋的决定。后来，刘强东又决定在家乡承包5000亩（333.33公顷）土地种植有机水稻，一部分给京东员工吃，另一部分在京东商城上销售。从食品安全的角度去看，刘强东的决定是正确的，但从公司运营的角度看，这个行为是否合适？反正不理解的声音很多。刘强东老家的村支部书记，也是他的小学和中学同学就曾经问过他，京东搞得这么好，为什么还要回老家种粮食？也许刘强东在下一盘很大的棋，我们拭目以待。