却说万历三十一年（1603年）腊月在刑部的谳审中，紫柏遭受了杖击与竹篦的酷刑，但他毫不屈服。法官在权贵的授意下，必欲置紫柏于死地。四天之后，法官再将紫柏带到刑堂，当面宣读罪状并判定刑期。至于是何样的刑期，史载不详，但决不会太轻。明代对诏狱的犯人，被判有罪的，最重是杀头，最轻的也是蛮瘴地区充军，并终身不赦。宣判的头一天，紫柏似乎已经知道了结果，因为他写了一首《十四日闻拟罪偈》：
夙业今缘信有机，南中莲社北圜扉。
别峰尚有人相问，狮子当年正解衣。
从这首偈中，看出紫柏在大难临头时心情的平静，而且可以肯定地说，他做好了接受一切后果的精神准备。当夜，他还写了一首七绝《忆卓老》：
去年曾哭焚书者，今日谈经一字空。
死去不须论好恶，寂光三昧许相同。
卓老即明末另一位思想狂人李卓吾。此老在张居正当政时，曾当过三年的大理知府，兹后就抛家别子，云水天涯，过着半俗半僧的生活。晚年定居湖北麻城十八年，后遭人诟害，在北京通州被逮，卓吾不肯认罪，遂在狱中自杀。他的《焚书》《续焚书》两部书，是明朝重要的思想文献。紫柏在李卓吾自杀后的一年同样在北京被逮。惺惺相惜，此时的紫柏写诗怀念李卓吾，其心境完全可以理解。李卓吾并未真正地剃度，但在麻城却一直住在庵寺中，过着出家人的生活。他收了不少女弟子，这一点，引起僧俗两众的反感，也让恨他的人抓到了把柄。所以，他到死也是一个争议很大的人。紫柏却很欣赏并同情他，仅从这一点看，紫柏的慈悲已达到了无纤尘的境界。
当法司定罪的第二天，紫柏便做出惊人的决定，他要在牢房中坐化。当他的几位弟子闻讯赶来，他已沐浴更衣，坐定在蒲团，面对追随他的弟子，他从容念出九首偈，因这是紫柏的临终文字，故在此全部录出。
事来方见英雄骨，达老吴生岂夙缘？
我自西归君自北，诸生晤语更泠然。
南北经行三十年，钝机仍落箭锋前。
此行莫谓无消息，雪夜先开火内莲。
尽称达老鼓风波，今日风波事若何？
试向明年看老达，风波满地自哆和。
潭柘双青谩说龙，相依狴犴更从容。
主人归去香云冷，好卧千峰与万峰。
幻骨吾知无佛性，从来称石总虚浮。
夜深寒照吴门月，翻笑生公暗点头。
幽关寂寂锁难开，哪道沙门破雪来？
饥鼠何妨沾法喜，冻脓早许委黄埃。
夙愿平生未易论，大千经卷属重昏。
怪来双径为双树，贝叶如云日自屯。
启龛须记合龛时，痛痒存亡尔即伊。
不必燕云重眷恋，此身许石肯支离。
山鬼不必赛，水神胡可解。
枯木冷重云，独见田侍者。
人生那忽死，死者生之府。
法门何所闻，付诸涂毒鼓。
（谶所知）
偈诗九首，是一个不可分割的整体，从中可以看出紫柏疾恶如仇的性情，了脱生死的态度，去来无碍的禅风。大约法司给紫柏定罪，很重要的一条是“鼓动民众反抗朝廷”，故偈诗中有“尽称达老鼓风波”的句子。对此，紫柏是不承认的。所以，他以死来抗争。
腊月十六日，离除夕不到半个月。不堪受辱的紫柏，决计不肯在人间多待一天，自从参透禅关，修成金刚不坏的法身之后，生死的界限早已被紫柏打破。这个世间若能住就多住一些时候，不能住即刻就可以离开。
紫柏念完偈语后，就坐在蒲团上微闭双眼，在弟子们静静地注视下，他从容地坐化。这一年，他刚好六十岁。