以线膛炮大了几倍的冲击力，根本不是木制战舰所能承受的，因此各舰队的三号战船和长江舰队的潜水重炮舰才换装了这样的火炮。今天的运河号正是利用线膛炮的远射程，才如此轻松的从江面上一直打到狮子山，摧毁了那里并不算坚固的炮台，并将驻守此地的所有碗口铳和佛郎机统统摧毁了。
舰炮的射击声就是总攻的信号，紧接着陆军各师的重炮营也纷纷开始了对各处炮台的轰击。短短十五分钟五个炮台就被大量6公斤攻城炮全部摧毁了，与此同时各级配属的2公斤行营炮对着各个城门猛轰，步兵则开始了攻城。
唐军并未采取旧有的密集阵型发起冲锋，而是采用十分松散的散兵线冲锋，同时以神枪手对着城头弓箭手进行压制，这大大增加了明军的拦截难度。
唐军一轮轮的精确炮击，让城头的明军士兵不断死伤，黄得功却不得不让一批批的士兵上去送死，以免拱手将城头送给对方。为了当初唐军的进攻，黄得功征调了城中所有青壮登城守御，却还是免得捉襟见肘。
这个以当年孙权所建石头城为根本，又历经多代统治者尤其是宋代加建之后，城墙已经十分高厚，但随地势变化形成不规则形状的城墙却让守卫者很难集中兵力，多达十三个城门彻底摊薄了黄得功的兵力。
在这种情况下唐军却能发挥兵力优势，从各个城门一起发动进攻，让黄得功根本照应不过来。很快仪凤门就被攻破了，这是在长江舰队的掩护下，渡江而来的海军陆战队一个营造成的战果。面对只有七百多人的一个营，明军三千人却根本守不住，因为他们难以抵挡长江上密集的舰炮覆盖。仅仅半个时辰的攻击，三千明军死伤五百多人，剩下的全都失去了作战勇气逃散了。
仪凤门突破之后，钟阜门和金川门很快也被攻克了，那里的守军腹背受敌根本就挡不住唐军的进攻。入城的唐军很快由北向南扫荡，一举攻入了城北的大营仓库。这里放置着明军最多的守城物资和粮食，此地一失黄得功更加被动了。
黄得功也没有想到，城墙高厚防守严密的南京城会如此快就被攻破，他还来不及转运物资仓库就被占领了，紧接着他自己的指挥部北兵马司衙门也被占据，他本人只好退往皇宫。
临战时指挥部的迁移，尤其在这个通讯很困难的年代，对守军简直是致命性的。因为联络不到黄得功，各地守城部队还以为他跑了，加上唐军的压力太大，士兵们纷纷撤退或者投降。等到黄得功重新建立指挥部，各城门都已经失守了，近万守军已经投降。
面对着几乎是不对等的战斗，明军毫无还手之力，唐军很快突破了太平街的防守，一口气攻入了西华门，黄得功也中炮身亡。马士英和阮大铖将所有官员和家眷都逼入了皇城之内，此时见到已经难有回天之力，立刻命人疯狂的大肆砍杀，结果整个皇城完全变成了屠宰场。等到唐军攻进来的时候，官员及其家属已经被马士英手下军士杀得差不多了，就连弘光帝和他后宫的那些女人也没有幸免。
马士英已经彻底疯了，他在屠尽城中众人之后选择了拔剑自刎，与弘光朝廷所有人同归于尽。外围防守的禁军和黄得功所部明军群龙无首，最终全部向唐军投降，对南京的攻城战仅仅是半天多时间就结束了。
朱聿键很快通过无线电报收到了南京城内的战况，看着马士英屠杀众人的那一份情报他也是唏嘘不已：“这个马士英还真是狠角色，竟然杀光了所有人。”
“马士英就是这样的人，他已经走投无路了，却不希望别人能够投降新皇重新飞黄腾达，所以他选择了一起毁灭。”对马士英很了解的赵光抃叹气说道，此时他已经平平安安的回到了宁波城。
“主公，如今我已经消灭了弘光朝廷，马士英甚至帮助咱们解决了后顾之忧，接下来就该进攻满清夺回全国了。”潘独鳌提醒道。这次应天府被消灭之后，朱聿键已经彻底掌握了正统的权力，是需要讨论未来国家大势的时候了，所以在新朝中的有份量的重臣都参加了此次会议。
“我认为应当从长计议。”海军副总参谋长胡锐波表示了反对。
“为什么？我认为当下夺回北方最重要。”潘独鳌皱着眉说道。
胡锐波道：“按照常理的确如此，但是我们不能陷入几线作战，这会让我们陷入被动的。我军征讨西班牙的战斗即将打响，对中亚的蚕食正在进行。我又刚刚得到消息，两天前奥斯曼土耳其帝国海军扮作海盗，企图拦截我们的商船队。护航舰队进行了激烈的抵抗，几乎被全歼，幸好太平洋舰队前往大西洋执行任务路过此地，才解决了商船队并与奥斯曼舰队大战了一场，双方互有损伤。”
“什么？奥斯曼人胆敢如此行事？”潘独鳌吃惊得张了张嘴，说不出话来了。
“现在我们已经是三面接战，如果在国内牵制了大量陆军，很容易造成被动，再说我们的后勤供应也绝不可能同时应付四个方向的大战。”胡锐波提醒道。
对奥斯曼土耳其帝国用兵，占据后世拥有海量石油的西亚地区，这是朱聿键早就有所打算的。让索菲亚去和法国联盟，就是希望借助欧洲的力量从地中海方向打压对方，在中亚的作战也多半是在为了从陆上进攻奥斯曼帝国所做的准备，这都是环环相扣的。如今在海上有了动兵的借口，这会让对奥斯曼土耳其帝国大家进攻更加顺畅，如此机会应该抓住。
茅元仪自然是知道朱聿键想法的，见到众人沉默他开口道：“我认为这次的事件是个极好的借口，我们可以向奥斯曼帝国开战，从海上对其进行打击，先清理掉对方在印度洋的海军势力，这对我们下一步的作战很有好处，只是后勤方面还需要考虑。”他说话的时候望向了对面的后勤部部长陈子龙。