新的企划公司的名字和第一个企划确定下来之后，相关的筹建工作便有条不紊地继续展开着。
电视上，《命运石之门》这部动画也继续以每周一话的速度播出着。
和不少人猜测的一样，真由理并没有彻底被拯救，虽然第十五话和第十六话，连续两话一次都没死过，但第十七话的开头，真由理又死了。
死因是SERN的那些人冲进研究所，一枪将她打死的，只不过死亡时间推迟了一天。
当然，死之前也少不了那句台词：“啊咧？真由喜的怀表停了，好奇怪啊，明明刚刚上过发条的。”
真由理死后，男主自然又一次利用时间跳跃机器穿越回到过去。
不过这一次，他第一时间就找上牧濑红莉栖，向牧濑红莉栖请求帮助。
牧濑红莉栖得知情况后，先是朝男主说了一句：“你不断重复时间跳跃，无数次地经历那个瞬间很痛苦吧？”
之后，她帮男主分析情况，分析过后，得出一个结论：想要移动到β世界线，就必须得到IBN5100，但IBN5100之前还在的，是因为发送了D-MAIL才消失的，所以，说不定只要逆向消除之前发过的D-MAIL，就能重新获得IBN5100。
接下来的展开，也如网友们所猜测的那般，基本上是一话一个故事，更具体地说就是男主为了逆向消除D-MAIL所做的事。
首先是要消除菲利斯的那封D-MAIL，但糟糕的是，男主根本不知道当初菲利斯发的那封D-MAIL的内容，只能跑去找菲利斯。
菲利斯刚刚赢下一个比赛，但比赛结束后，对手因为输了比赛不甘心，要报复她。
男主的出现，算是帮了菲利斯一把，尽管他被揍得很惨，最后是菲利斯的父亲赶到才能成功脱险。
在和菲利斯一起被追赶的途中，男主将另一个世界线秋叶原的情况告诉菲利斯，还带着菲利斯去了另一个世界线的女仆咖啡厅MayQueen所在的地方，让菲利斯渐渐地回想起另一个世界线的事情。
D-MAIL的内容也被她记了起来，不过，那封D-MAIL居然是要让她十年前去世的父亲复活。
一旦这封D-MAIL被消除，秋叶原会恢复，但她的父亲也会
菲利斯的父亲是个很好的人。
在菲利斯家里面，男主再次询问起关于IBN5100的线索。
菲利斯父亲说，原本IBN5100是桥田铃交给他，让他帮忙保管的，但很久以前有一次，菲利斯被绑架，偏偏他的公司规模还没现在这么大，根本凑不出赎金，刚好那时候，有人表示要高价收购IBN5100，所以他就出手了。
之后，男主跟菲利斯在房间里面单独相处。
在确认过不消除D-MAIL，真由理真的会死之后，菲利斯告诉了男主她被绑架的真相。
“十年前，我八岁生日的时候，跟爸爸说好了一起出去玩，但是爸爸因为工作而没能去成，虽然是没办法的事情，但我却感到十分寂寞，以为爸爸是不是不再爱我了，还说了‘再也不理爸爸了’，‘爸爸去死就好了’这样的话，然后这竟然成了跟爸爸最后的对话。”
飞机失事，她的父亲就是死于那场事故之中。
为了改变父亲死亡的过去，她就发了D-MAIL到十年前父亲的手机上，内容是：“女儿在我手里。赎金一亿。去乘新干线。”
讲诉完真相，菲利斯便将自己的决定告诉男主：她会发送消除之前的那封D-MAIL的邮件。
“已经是时候从梦中醒来了。”菲利斯含泪说道。
菲利斯的那封D-MAIL被消除，秋叶原恢复成原本的模样，然而，男主去了柳林神社，却发现柳林神社里面并没有IBN5100，尽管十年前，菲利斯确实将IBN5100供在了那个地方，并且到去年为止都还在。
必须继续逆向消除D-MAIL。
第二封要消除的是漆原琉华的D-MAIL，这也是第十八话的主要内容。
不同于菲利斯的D-MAIL，漆原琉华的那封D-MAIL，内容是什么，男主知道得一清二楚，但是他并不知道漆原琉华母亲的BP机号码，而且他也不愿意违背漆原琉华的意愿，偷偷摸摸地做这种事情。
他找上漆原琉华，将漆原琉华原本是个男人的事情说了一下，结果毫无疑问地将漆原琉华弄哭。
不过，冷静下来之后，漆原琉华又将男主叫到柳林神社那边，然后告诉男主，她愿意相信男主说的话，但是作为恢复男儿身的补偿，她希望男主能当她一天的恋人，跟她约会，因为她喜欢男主。
男主一开始是抗拒的，因为这个世界线的漆原琉华虽然是个女孩子，但漆原琉华对他来说一直是个男的。
跟男人约会，他实在接受不了，不过，看漆原琉华哭，他还是答应了下来，甚至，看到漆原琉华抹着眼泪，一副楚楚可怜的样子，他还稍稍心动了一下。
接下来就是跟漆原琉华约会。
一开始，男主向牧濑红莉栖请教，还上网查找约会相关的一些资料。
到第二天，在牧濑红莉栖的打扮下，他穿上西装，跟寻常人一样去跟漆原琉华约会，只是，没有了白大褂，他整个人也变了，跟漆原琉华约会，变得十分拘束，非常不自然。
不管怎样，男主遵守约定，跟漆原琉华约会了，所以约会结束，漆原琉华就将母亲的BP机号码给了他。
回到研究所，即将发送消除用的D-MAIL，真由理回来，一句话开解了男主，让男主意识到自己做错了什么。
他让桶子暂停发送D-MAIL，然后披上白大褂，去柳林神社，找漆原琉华重新来一次约会。
这一次的约会之后，漆原琉华说出了关于IBN5100的情况：“确实，直到去年正月，它一直都待在我家的仓库里，但是我把它弄坏了，在打扫仓库的时候。”
她感到十分自责，之所以愿意恢复男儿身，估计也有一点这方面的原因。
等到D-MAIL被消除，漆原琉华恢复男儿身，但男主还是没能得到IBN5100。
必须继续逆向消除D-MAIL。
不算买彩票的那封D-MAIL，剩下的就只有桐生萌郁的D-MAIL。
每消除一封D-MAIL，真由理的死期就会被延后一天。
也就是说，真由理哪一天会死，男主知道得一清二楚，只不过究竟是哪个时间点死亡，还有待见证。
因为缺少桐生萌郁的相关信息，男主原本是打算先记下真由理的确切死亡时间，然后进行时间跳跃，解决桐生萌郁的那封D-MAIL的。
但牧濑红莉栖提出要陪着真由理，让男主先去解决桐生萌郁的那封D-MAIL，希望能赶在真由理死之前将那封D-MAIL消除。
她还告诉男主：“不管什么事都可以告诉我，无论什么事，无论什么时候都来找我商量吧。不要忘记，无论你身处哪条世界线，你都不是一个人，还有我在。”
第二天，牧濑红莉栖陪真由理去了原本她不愿意去的漫展，男主则通过各种渠道收集信息。
好不容易找到桐生萌郁的住所，令男主惊讶的是，桐生萌郁居然自杀了。
与此同时，牧濑红莉栖的电话打过来，哭着说真由理死了。
确认过真由理的死亡时间之后，男主再一次进行时间跳跃。
连续两次跳跃，回到四天前。
他先跟牧濑红莉栖说明情况，然后，找上桐生萌郁住的破旧公寓。
敲门，无人回应。
开门走进去，里面没开灯，桐生萌郁坐在墙壁的一角，拿着手机，不停地念叨着“FB”。
她曾说过“FB是她的全部”，但现在，FB不理她了，所以她才会自杀。
男主跟桐生萌郁说话，桐生萌郁也没搭理他，于是，他干脆直接抢手机。
桐生萌郁自然不答应。
想到别的世界线，桐生萌郁一次次地杀死真由理，男主气上心头，狠狠打了桐生萌郁一拳，还踹了桐生萌郁一脚，才成功将手机抢过来。
接着，他跑到门外，不顾门内桐生萌郁疯狂的叫喊，疯狂地砸门，在身处研究所的牧濑红莉栖的帮助下，用桐生萌郁的手机发了一条撤销D-MAIL。
然而，D-MAIL虽然成功发出去，世界线却并没有发生变动。
百思不解的情况下，男主注意到一个情况，桐生萌郁根本没有换手机，也就是说，当初的那条D-MAIL，在发出去之前，内容被替换了，根本不是要换手机的D-MAIL。
无奈之下，男主只能冲进去，将桐生萌郁按倒在地，施展嘴遁，一番对话，让桐生萌郁稍稍冷静下来，还得到了不少关于FB的信息。
比如：FB在桐生萌郁看来像妈妈一样，之所以对FB言听计从，是因为FB给了她容身之所，她根本没见过FB，也不想见FB，因为怕见面的话会让FB失望……
之后，男主从桐生萌郁的手机中找到真正的那封D-MAIL的内容：老式PC在柳林神社仓库，立刻回收。
知道真正的内容之后，男主便跟牧濑红莉栖配合着，发了第二封撤销D-MAIL，然而，世界线还是没有发生变动。
必须找出FB，用FB的手机发出指令，这样才有让桐生萌郁撤销行动的可能。
根据桐生萌郁的只言片语，想要找出FB非常困难，但男主没打算放弃。
就在他准备离开的时候，桐生萌郁告诉他，IBN5100在某座大楼内的投币式储物箱中。
似乎还没被取走。
第二十话，男主和牧濑红莉栖商量，打算通过IBN5100顺藤摸瓜，找出FB，过程中，桐生萌郁找来，说她也想见FB，想确认真相。
两人蹲点蹲了一个晚上，到第二天早上，终于有人来取IBN5100。
顺藤摸瓜跟了一路，中间还因为跟丢了一次，只能利用时间跳跃机器重来。
重来一次，继续跟踪，很快男主就发现，IBN5100居然到了显像管店长天王寺裕吾手中，然后被天王寺裕吾用飞机运往SERN这个组织所在的国家。
没有出现过像是FB的女人。
男主只能主动找上天王寺裕吾，牧濑红莉栖和桐生萌郁陪同。
在天王寺裕吾家里面，男主开门见山地问了FB在哪里，结果天王寺裕吾自爆，他就是FB。
因为关于FB和桐生萌郁之间的一些事情，只有桐生萌郁和FB本人才会知道，所以身份毋庸置疑。
之后，天王寺裕吾将男主他们叫到附近的某个地方。
桐生萌郁问天王寺裕吾给她的邮件，为什么要使用女性用语，天王寺裕吾直言是为了骗她。
跟桐生萌郁断绝联系，是因为得到IBN5100的那一刻，桐生萌郁就已经没用了。
桐生萌郁说的，FB给了她容身之处，实际上根本就是个笑话。
男主说天王寺裕吾“居然是SERN的走狗”，天王寺裕吾解释，他也是身不由己，曾经过得非常艰难，那种情况下，SERN朝他伸出了手，仿佛一根蛛丝，他只能顺着那根蛛丝往上爬，等到后面想退出就发现已经根本无法退出了。
背叛的下场就是死。
他掏出一把枪，一枪打中桐生萌郁的胸口。
“你刚才不是说‘走狗’吗？才不是什么狗，我们是家畜啊，我也想过要逃跑，但就算是这样的我，也得到了重要的东西，所以我不想把她牵扯进来，可是，失败是决不允许的，要是逃跑的话，家人就我也失败了，但是绹对此一无所知，只要我死了”
天王寺裕吾说着，拿枪对着自己的脑袋，开枪自杀了。
男主和牧濑红莉栖都惊呆了。
倒在地上，弥留之际的桐生萌郁向男主说了对不起，牧濑红莉栖则提醒男主赶紧找天王寺裕吾的手机。
用天王寺裕吾的手机发撤销D-MAIL，果然成功了。
世界线变动，IBN5100总算搞到手。
男主将情况告诉桶子和牧濑红莉栖，让桶子入侵SERN的系统，帮忙删除最初的那封D-MAIL。
然而，在牧濑红莉栖的提醒下他才想起来，最初的那封D-MAIL，就是说牧濑红莉栖被刺的那一封。
也就是说，一旦这一封D-MAIL撤销，世界线就会向β线移动，真由理多半就能获救，但是这么一来，牧濑红莉栖就得死。
意识到这一点之后，男主惊呆了。
从第十七话到第二十话，大方向确实很容易就被网友们猜了出来，但是具体的内容，具体的展开，是真的让人猜不到。
就比如，FB就是男主他们的研究所楼下的显像管店长天王寺裕吾，这一点根本就没有人能猜到。
消除最初的D-MAIL，世界线向β线移动，结果是牧濑红莉栖得死，这也是许多人没有预料到的。
天王寺裕吾自杀前的那一段独白，则让人印象深刻又感慨不已。
于是，随着这部动画一话又一话播出，口碑继续得到巩固，评分也在继续一点一点地往上涨，甚至，渐渐地开始有人将这部动画称为“神作”。
不过，《命运石之门》口碑越好，评分越高，写这部动画的脚本的“虚渊准”也随之凶名越盛。