第一，既然这个箱子“四围俱固以铁，二锁亦灌铁”，异常坚固，何以程济一脚便能踩碎？第二，太祖既有这样的遗命，自然也有妥当的安排，当箱子抬来后，理应先打开看个究竟再作定夺，何以箱子未开，建文帝即命举火，而马皇后亦遽尔自焚？凡此都是情理不通的地方。
以下所叙述的还有漏洞。照书中所记，当时由程济为建文帝祝发，吴王教授杨应能愿意随亡，这样，“应文”、“应能”都有了，另有一个监察御史叶希贤说：“臣名希贤，应贤无疑。”于是相继改装。其时殿中有五六十人之多，多愿保护天子出亡。建文帝认为人多反而引人注目，易生不测。大家一听这话也不错，纷纷痛哭而去。
随建文帝出亡的，一说九人，一说八十人，依照朱笔遗命，从“鬼门”而出；门外河边停着一条船，船上有个神乐观的道士王升在接驾。见了建文帝，伏地叩头，口称“万岁”，说是太祖托梦，命他在此等候，一起上了船到太平门登岸，在神乐观暂住。不久“应能”、“应贤”他们也都到了，出亡的一共是二十二个人。
上述的说法，如“托梦”云云，一望而知是胡说。但建文帝做过和尚，在西南一带有其行迹，实无可疑；同时我们也可以相信，最后胡也见到了建文帝，《明史·胡传》说他在永乐十七年复出巡江、浙、湖、湘，二十一年还朝，其时成祖亲征在外，于是“驰谒帝于宣府。帝已就寐，闻至，急起召入。悉以所闻对，漏下四鼓乃出。先未至，传言建文帝蹈海去，帝分遣内臣郑和数辈，至是疑始释”。孟心史先生就此下断语：“还朝必驰赴宣府行在，为有确讯可报也。帝已寐而急起召入，为知此来必有所报，而不能复稍延也。所云‘至是疑始释’，必已得建文之确实表示，不与争国，而后心乃安也。……观入对至漏下四鼓乃出，则其语必甚曲折，非得建文帝有若何死亡之讯一言而讫者可比；殆必曲传建文甘心让国之意，能使猜忌之文皇亦听而自安。”