李世民收拾了窦建德之后，农民起义军中，就只有杜伏威了。
杜伏威在击败隋将陈陵后，兵力强大起来。
武德二年，公元619年九月，李子通率主力围攻江都。
陈陵兵微将寡，只得分别向杜伏威、沈法兴求救。
他二人均不愿李子通占领江都，尤其是杜伏威，恨死了李子通，当下派出援军，而杜伏威更是自己亲自领兵，沈法兴则派出自己的儿子沈纶。
杜伏威和沈纶的军队，互相猜忌，谁也没先去攻打李子通。
这样一来，李子通抓住杜、沈双方互不信任的弱点，派出小部队化装成沈部夜袭杜伏威，杜伏威果然上当，怒火中烧下，立刻突袭沈部，结果两路援军先打成一团。
李子通在他们互相掐架的时候，全力进攻江都，陈陵势不能支，弃城而逃，投奔杜伏威去了。
李子通占领江都后，以得胜之师进攻沈纶，沈兵败逃走。
这三大势力中，本以杜伏威兵力最强，结果反而让李子通取巧占领了江都。
杜伏威对此深恶痛绝，但大局已定，也只好愤愤收兵。
李子通随即自称皇帝，国号吴。
这时李渊已经消灭了关西的割据势力薛举、李轨，开始谋求关东。
李渊派出使者向杜伏威招降，杜伏威就于武德二年九月十二日宣布归降唐朝，受封为淮南安抚大使，后来又逐步升官到东南道行台、尚书令、楚王，最后在武德三年升级为总管江淮以南诸军事、吴王，赐姓李。
当然，这种归降只是名义上的，李渊此时不可能来干涉杜伏威的事务，所以杜伏威仍然是一家独立势力。
武德三年，公元620年是乱世的高潮，天下局势已经明朗，基本上就是李渊、王世充、窦建德三足鼎立，三家之间摩擦不断，时刻准备决战。
其他中小势力为求生存，也加剧了彼此的兼并，都力图在短期内壮大自己以增加自保的能力或归降的筹码。
在这种背景下，李子通全力进攻沈法兴，渡江攻克了沈的重镇京口，又击杀了沈派来迎击的大将蒋元超，沈主力丧失殆尽，只得放弃丹阳、毗陵，逃回吴郡老家。
杜伏威趁李、沈交战，以辅公祏为主将，阚陵、王雄诞为副将，领数千精锐进攻李刚刚夺取的丹阳。但时机没掌握好，沈法兴败得太快，李子通得以亲率主力数万迎战，军容极盛。
辅公祏眼看众寡不敌，情急之下，用了杜伏威对上募的那套手段，他挑选千人持长刀为前锋，又以千人紧随其后，自己领其余兵力再紧随其后，宣言说，前阵有退后者，后阵斩之！
江淮军本就剽悍，再有如此严酷的军法，自然人人奋勇向前，尤其前锋的长刀阵更是有进无退。
这样一来，李子通部气为之夺，当即败退。
辅公祏忘记了自己兵力过少，下令追击，结果反而被逼急了的李子通军击败，从追击者沦为逃跑者。
当夜，李子通因取胜而轻敌，扎营不设防备，王雄诞力劝辅公祏夜袭，辅公祏过于谨慎不敢出击，王雄诞干脆自己领了几百人自行出击。
王雄诞在李子通营中大肆纵火，李子通促不及防，大败溃散，几万人一夜间散个干净。
由此可知，战争真的是瞬间万变，胜了不可轻敌，败了不可气馁，因为，转瞬间，说不定属于自己的机会就出来了！
杜伏威继续追击李子通，李子通守不住江都，只得主动撤往京口，又逃往太湖，江西之地尽为杜伏威所有。
李子通随即收集余部，又聚集了二万余人，这时李子通的地盘已归杜伏威所有，势力又远不如杜伏威，因此只好向沈法兴下手。
李子通突袭沈法兴的老巢吴郡，沈法兴根本没来得及恢复元气，自然不是李子通的对手，结果只剩几百人逃了出来，打算投奔同乡闻人遂安，不料又和闻人所部起了冲突，沈法兴落水溺死，江淮三大势力之一的沈法兴就此了帐，从起兵到灭亡仅三年时间。
李子通灭沈法兴后势力又有所恢复，杜伏威为永绝后患，派王雄诞进攻李子通。
李子通领精兵据守独松岭与王雄诞相持，王雄诞看出李子通色厉内荏，当下派人多造旗鼓，夜间则虚设灯火，尽力制造数十万大军的假象。
李子通上次被王雄诞夜袭后，留下了严重的心理阴影，因此，草木皆兵，居然自行烧了营帐，连夜全军撤退。
王雄诞追击到杭州城下，李子通人马崩溃，他穷蹙投降，被杜伏威献俘给李渊，就此被软禁在长安。
杜伏威，终究还是用自己的实力收拾了阴险图谋自己的人！
杜伏威消灭李子通后，又派王雄诞进攻江淮间其他独立势力。
这时杜伏威已是江淮霸主，李渊更已经消灭大敌王世充、窦建德，天下大势已定，因此各势力如汪华、闻人遂安等纷纷投降，杜伏威完成了江淮的统一，尽有淮南江东之地。
武德五年，公元622年夏，李世民率部平定徐圆朗，徐圆朗的地盘与杜伏威接壤，李世民借攻击徐圆朗之机，陈兵杜伏威境上。
当此之时，隋末蜂起的各路反王大多已经烟消云散，梁师都、高开道、徐圆朗之辈或僻处边疆，或灭亡在即，唯一还能对李唐构成威胁的就是杜伏威了。
杜伏威自然明白李世民的用意，心中十分不安，担心成为李唐下一个进攻目标。他为免嫌疑，索性上书李渊，请求入朝。
李渊收到杜伏威的上书后，非常高兴，批准杜伏威入朝。
于是，杜伏威将江淮军交给义子王雄诞，自己带了少数亲信于当年七月到长安朝见李渊。
杜伏威的主动献忠心让李渊很是满意，同时也是为了在天下人面前做个样子，李渊加封杜伏威为太子太保，位在齐王元吉之上。
从这一事可以看出来，杜伏威是非常懂人性，知形势的人，他的这个做法，为自己带来了安全。