不久，库斯劳匆忙率军返回，不顾一切地保卫自己的都城，但进攻却并没有发生。事实证明，在公元541年，无论是查士丁尼的统治还是拜占庭帝国本身，都达到了最鼎盛的巅峰。在西部，贝利萨留已经将非洲和意大利全部收复；在东部，他顺利打退了波斯人的进攻，现在几乎马上就要攻陷波斯首都。从汪达尔人和哥特人手中敛取的巨额财富被用于建造帝国各处的精美建筑。安条克城得到了重建，君士坦丁堡因为辉煌的建筑史奇迹——圣索非亚大教堂而锦上添花。哥特人已经推举出了他们的新国王，名为托提拉，但他们的王国已经濒临崩溃的边缘，随着波斯人的分裂，似乎再也没有什么敌人能够对强大的拜占庭军队产生任何威胁。然而，当贝利萨留起航前往泰西封的时候，敌人已经到来了。
港口城市培流喜阿姆把守着尼罗河三角洲的最东端，曾经见证了众多古代世界最伟大的征服者，从亚历山大大帝到马克·安东尼。奥古斯都·恺撒曾经站在它的城墙脚下，伟大的庞培也在城门之前遭到谋杀。但这座城市最强大的征服者却是一群啮齿动物。到了查士丁尼的时代，它们已经和城市共存了十分漫长的一段时间。在公元前8世纪，亚述王西拿基立和亚述人不得不因为田鼠疯狂啃噬他们的弓弦和绳索而选择撤离。波斯国王冈比西斯二世显然很好地吸取了历史的教训，在派兵进军之前引来大批猫灭鼠，顺利地在6世纪占领了城市。然而，啮齿动物并不会永远销声匿迹，在公元540年的春天，它们卷土重来。
鼠类乘船从下埃及的港口进入，将携带传染病毒的跳蚤带进城市，致命的耶尔森氏鼠疫杆菌开始在世界范围内肆虐。这种病毒最为著名的登场事实上是在14世纪，当时人们为它引发的疫病起了非常可怕的名字“黑死病”。但6世纪的暴发——虽然因为年代太过久远，记忆相对模糊——或许更加严重。这种疫病像野火一样蔓延到亚历山大，这里也是帝国粮食的主要产地，又从那里传播到帝国的其他地方。
传染病的袭击起初并未引起警觉，但其传播的速度极其可怕。受害者一开始会感到头痛 ，身体一定程度上变得虚弱。如果病毒转移到肺部，所有的淋巴结都会疼痛肿胀，死亡在一周之内就会降临；如果病毒进入血液，患者的皮肤上就会长出连片的黑斑，一天之内便会一命呜呼。人们对这种传染病毫无了解，并不知道它是如何传播的，因此也没有任何防护措施。通过人员流动和船运，这种疾病总是在人口最为稠密的地区肆虐，有时候甚至会夺去当地大约四分之三人口的性命。
在君士坦丁堡，这种疫病未经抑制，4个月以来不断肆虐，带来了十分恐怖的死亡率——每天有1万人死于该病。死亡来得如此铺天盖地，墓地根本不够用，因此人们不得不将死者尸体扔进一座从未使用过的城堡，直到腐烂的尸体堆积得超过了城堡的高墙。人口骤减使城市几乎陷入了停滞状态，在这样巨大的负担之下日常生活的节奏难以维持。贸易几乎停止了，农民抛弃了他们的田地，幸存的少数工人也竭尽全力地逃离了瘟疫肆虐的城市。当疫情最终缓和时，饥荒和赤贫又紧随而来。
起初，灾难并未对贝利萨留造成太大影响，他始终驻扎在遥远的波斯边境。关于可怕疫病的传闻逐渐散播开来，但他对此也是无能为力，所能做的只有尽快结束与波斯之间的争端。然而此时从东方传来了消息，戏剧性地将局势彻底改变：查士丁尼本人也染上了疫病。
拜占庭军队瞬间陷入了混乱。查士丁尼并没有任命继承人，并且狄奥多拉多年以来一直在皇帝耳边散播着不利于军队的话语。如果查士丁尼现在去世，将军毫不怀疑她会罔顾军队中的意见，自己推举一位继承人。而军队上下一致认为贝利萨留是继位称帝的不二人选，如果狄奥多拉无视军方的权威，他们也绝不会承认狄奥多拉所做出的任何决定。
狄奥多拉贵为皇后，但却膝下无子，她十分清楚地意识到自己并无资格干涉国家权力。在几个月的独立治国之后，事态终于有了些许缓和，因为查士丁尼出人意料地有了恢复的迹象，这足以证明她的地位得以保全，然后狄奥多拉得知了将军在东方所做出的决定。皇后感到自己的权威遭到冒犯，因此十分愤怒，立刻急召贝利萨留回到都城。其他人或许可能因为表示忠诚而被宽恕，但她一直以来都认为贝利萨留只不过是垂涎皇位的一条毒蛇。最新传来的消息只不过是证实了她内心深处最阴暗的揣测。
虽然对此感到万分恼火，狄奥多拉仍然对自身的不利条件有着十分清晰的认识。皇帝和皇后曾经因为民怨沸腾引发的暴乱差一点被赶下皇位，在尼卡暴动中她距离被迫流亡只有一步之遥。贝利萨留与他人不同，他的威望如此巨大，如果把他投入监狱，不啻将自己置于被人民推翻的威胁之中。因此，尽管狄奥多拉想要设法将贝利萨留处死，她依然说服了自己采取其他办法剥夺他的权力、攫取他的财富，然后设法将他贬黜流放。
查士丁尼恢复了健康，发现整个帝国已经濒临崩溃。很有可能整个地中海地区四分之一的人都已经死于瘟疫，这些人本可能从军成为帝国的士兵，或者作为纳税人，他们的死亡无疑严重削弱了帝国的资源。唯一的安慰是波斯也遭受了同样严重的损失。库斯劳企图设法利用拜占庭此时的衰弱，派兵突入了拜占庭的国境。但入侵的唯一后果就是他自己的人民也被传染上了疫病，而且，他在回国的时候，也将病毒带到了波斯的其他地方。
西方的境况则要更加严重。没有贝利萨留，拜占庭的征服之路以令人恐惧的速度土崩瓦解。足够讽刺的是，查士丁尼本人很大程度上是造成这一切的罪魁祸首。他畏惧一位从未动摇忠诚之心的将军的权力，因此决定任何人都不能行使最高指挥权，将意大利战役的领导权分裂为两派，分派不少于五个人进行指挥。这个愚蠢的决定导致拜占庭资源分裂，那些将军彼此争执、能力低下，终日尔虞我诈、争权夺利，征服土地的目标则被抛诸脑后。
帝国的衰弱在最危险的时刻来临了。哥特人最终推举出了一位充满智慧的国王托提拉，他决心将自己的王国从前人留下的危急状况中拯救出来。他轻易地运用策略击败了陷入危机中的拜占庭，然后率军突入意大利，承诺将那里的人从帝国的沉重赋税中解放出来，让连绵不休的战火画上休止符。贝利萨留曾经以解放者的身份在欢呼雀跃中进入罗马，但现在是哥特人让罗马获得了解放。
不到一年，托提拉就已经让贝利萨留的大部分努力付诸流水，无助的拜占庭将军只能写信给查士丁尼，告诉皇帝他们已经难以继续守卫意大利。为了再征服之路他们已经做出了太多牺牲，此时此刻却濒临前功尽弃，查士丁尼幡然醒悟，开始采取行动。他不顾狄奥多拉的反对，再一次站到了贝利萨留一边。
贝利萨留本不应该受到如此羞辱，但有狄奥多拉在身边，查士丁尼也无法全心全意信任他的老朋友，这位将军只率领了4000人便前往意大利。当他到达目的地时，发现情势几乎已经无法挽回。他的军队陷入了绝望的境地，他手下的指挥官们也都情绪低落，当地的人民普遍对托提拉抱有同情，对拜占庭军队则充满了敌意。不必说对哥特人发起进攻，连保住这座城市都已经成了天方夜谭。
贝利萨留计划将意大利的中心紧紧控制在手中，但情势依然每况愈下。蛮族在边境的进攻越发频繁，士气颓靡的军队不要说保卫家园、与托提拉死战，反而更像是要向他缴械投降。自从这场瘟疫爆发，他们就从未按时领到过军饷，哥特人的征服似乎已经变得不可避免。贝利萨留的人员损失惨重，他担心自己不久便无法继续保卫罗马，因此用十分讽刺的语气给查士丁尼写信，阐述了目前凄惨的境况，乞求他能够增派更多的军队：“士兵们已经驻扎在此……他们陷入了不满、恐惧和沮丧；在敌人的喊杀声中，他们抛弃了马匹，扔下了武器……如果战争能够只靠我贝利萨留一个人取胜，那您的策略没有丝毫问题……但如果陛下您渴望征服，就必须马上做点什么。” 57贝利萨留这封恳切、坦率的书信说得十分清楚，如果不派出他曾经的精锐部队，就绝无可能力挽狂澜。
从这时开始，贝利萨留的请求为他带来了厄运。负责传递信息的信使决定在首都多享受一段时日，而不是直接将信件送进皇宫。直到寻觅到一个合适的结婚对象并成婚之后，他才找到机会进宫面见皇帝，完成他的使命。第二个障碍则更加巨大。狄奥多拉并不希望贝利萨留与他曾经的精锐部队再度会合，而且此时也没有足够的资金为新的军队配备武器。一小部分援军被派去支援，但就像往常一样，这支军队人数太少，而且来得太迟。
贝利萨留没能从君士坦丁堡获得足够有力的支援，因此根本无法筹集足够多的兵力来击败哥特人，战争进入了绝望的僵局。罗马在两支军队的拉锯战中饱受摧残，遭到严重破坏，成为一堆荒凉可怖的废墟，几乎成为死城。58到了公元548年，贝利萨留在绝望中派出他的妻子安东尼娜回到君士坦丁堡乞求救援。瘟疫已经逐渐缓和，帝国的形势也在逐渐往好的方向发展，因此将军希望现在能够得到人力和财力的支援，扭转哥特战事的局面。此次求援的另一个优势便是他的妻子相比上次毫不负责的送信人，自然是一位更好的信使。安东尼娜是狄奥多拉的密友，因此能够抛开那些面见皇后的繁文缛节，尽快地与她直接见面。安东尼娜到达了君士坦丁堡，她希望尽快与狄奥多拉会面，但却发现周遭的一切都仿佛蒙上了一片阴云，查士丁尼已经彻底沉浸在悲伤之中。狄奥多拉去世了。
狄奥多拉曾经是早年尼卡暴动的危机岁月中一座坚实的壁垒，但作为帝国的实际领导者，她却同样是灾难的始作俑者。她确信贝利萨留同她自己一样具备政治头脑，因此她一直在影响自己丈夫的决定，暗中对付那个能够完成征服梦想的人。更糟糕的是，当查士丁尼濒临死亡时，她凭个人意愿在整个帝国范围内重新兴起基督一性论，正当矛盾冲突几乎要消失时，异教理论重新复兴了。59这一行为带来的后果比任何异族入侵都要严重，极大地削弱了叙利亚和埃及大部分人对帝国的忠诚。一个世纪之后，新的可怕敌人来袭，他们就像解放者那样受到了热烈欢迎，因为当地人急于摆脱来自君士坦丁堡的宗教压迫，东罗马帝国的大部分地区自此以后彻底脱离了与罗马的联系。
查士丁尼因为损失惨重而大受打击，在549年他又重新召回了贝利萨留，并再次像兄弟那样亲切地对待他。他紧紧拥抱这位多年以来一直最值得信任的老朋友，将他安置在一栋华丽的宫殿里，甚至立起了一尊铜质塑像来表彰他的功绩。面对这样的褒奖，贝利萨留并没有感到多么高兴，不久便选择退居幕后，但帝国的历史上很少有人像他一样应当拥有这所有的荣耀。如果没有贝利萨留，查士丁尼规模巨大的征服之战甚至只能是空想，帝国的版图会一步步缩小，国力将无可挽回地衰退，甚至很难在之后充满动荡的几个世纪中立足。
正如贝利萨留暗中所观察到的那样，托提拉包围了罗马，军费不足、士气低落的守军长期以来只能以马肉充饥，他们已经彻底厌倦了这样的日子，于是只做了象征性的抵抗，便打开了城门。随着这座古代都城的陷落——这也是自从战争开始后这座城市第四次易主——查士丁尼最终明白了只有他彻底信任一位将领，全体将士只听从一个人的命令，意大利的战争才能够胜利。他将纳尔西斯叫到面前，全权委任他带领大军出战。
纳尔西斯如今已经年过七旬，作为最高指挥，他确实不是个合适人选，12年前的尼卡暴动中，他曾下令屠杀了几千名手无寸铁的平民，这也是他唯一的军事指挥经验，贝利萨留也在随后失去了米兰。但纳尔西斯却是一位精明强干的外交官，他毕生都投身于帝国宫廷斗争的惊涛骇浪之中，整个帝国上下还没有任何人能做得比他更为出色。在皇帝看来，年龄构不成任何问题。他本人也已经接近70岁，如果年龄没有消磨掉他的能量，他自然也不认为这对于新将军而言会构成障碍。
纳尔西斯得到了他的前任曾经未能得到的全部援助，当然，胜利也本应属于贝利萨留。他所带领的船队人数是之前的将近十倍之多，同时也带上了全部的钱财，这些钱财属于那些长期苦战的拜占庭守军。当他到达意大利时，引起了很大的轰动，人们纷纷聚集到他的旗帜之下，军队的人力得到了极大的扩充。
正当最大的运输船停泊在帝国港口之时，两位使臣来到君士坦丁堡，为皇帝带来了一个好消息。他们来自西哥特统治下的西班牙，宣称那里已经发生了大规模暴乱，罗马人站出来向蛮族国王发起抗争。在一位名为阿塔纳吉尔德的智慧领导者的指挥下，反抗力量如今已经占据了科尔多瓦，如今他们正期盼帝国的帮助，希望能够占领塞维利亚。
几乎其他所有人都希望运气最好的人能够彻底拒绝这个荒唐的主意。帝国的物资供应已经濒临枯竭，军队彻底陷入了意大利战事的泥沼，当务之急就是让相距遥远的行省远离过分扩张的交通和运输线。但查士丁尼却不愿放弃这个机会，他立即对此表示同意。西班牙是最后一个由基督徒组成却由阿里乌派的蛮族国王统治的国家，对拜占庭而言，宣告自己才是信仰之战的胜利者，这是再容易不过的。查士丁尼认为西班牙人民必然会起来反抗他们的异教统治者，这就为他最终征服整个半岛建立了一座非常完美的桥头堡。
那些曾经认为纳尔西斯过于年老，无力领导一次军事行动的人，如今都为查士丁尼派去领导西班牙远征的将领而折服。利贝里乌斯已经年近九旬，但他有着十分丰富的经验，尽管他已经年老，但依然是指挥官的不二人选。这位极富谋略的将军只率领着一支区区几百人的军队，但他不久便将西班牙人收归己用。刚踏上西班牙的土地，他便迅速支援阿塔纳吉尔德，征服了塞维利亚，但当叛军领袖自立为王并要求拜占庭军队撤离的时候，这位精明的将军拒绝了。他谋划了一场十分完美的游击战，计划策动当地罗马化的人民反抗他们的阿里乌派君主，之后重新征服整个西班牙南部。
纳尔西斯与利贝里乌斯在同月起航，开始了向罗马的长途进军。当托提拉听说拜占庭帝国的军队领导者居然是一名宦官，并且蛮族法兰克人已经大举进军北意大利时，他尽情地嘲笑自己的对手，希望这些法兰克人能帮他彻底解决掉这个心腹大患。然而，哥特人不久就发现，纳尔西斯虽然身躯衰老，但是拥有智慧的头脑，他的军队沿海岸线行进，不费吹灰之力就彻底避开了法兰克人的进攻。
在古老的罗马小镇布斯塔·加洛鲁姆附近，纳尔西斯与托提拉狭路相逢。经过十分激烈的战斗，拜占庭军队将哥特军队彻底消灭，国王也在战争中被杀。饱经风霜的罗马城向拜占庭军队敞开大门，纳尔西斯将城门的钥匙及托提拉装饰着珠宝王冠、黄金铠甲、鲜血浸染的礼服，一起带回了君士坦丁堡，作为自己胜利的见证。
正在纳尔西斯乘胜追击，集中力量将哥特残余力量彻底逐出意大利疆土时，查士丁尼已经准备发动对西班牙的征服之战，但随后瘟疫再次袭来，彻底打破了他的计划。6个月的时间内，瘟疫肆虐，导致本已经风雨飘摇的帝国雪上加霜，皇帝被迫放弃了他继续征服的计划。似乎是为了证明拜占庭经受的苦难尚且不足，同年，一场地震导致圣索非亚大教堂祭坛上方的一半穹顶彻底塌陷。不久以前，整座教堂的修建仅仅用了6年时间，却似乎过去了极为漫长的时光，现在帝国财政捉襟见肘，5年之后，穹顶部分才彻底修缮完成。
帝国仅存的财力如今都用于修缮最为重要的防御工事。然而现在根本无力找到足够的人力来填补因战争和瘟疫而减少的人员空缺，因此查士丁尼只能将军力大规模缩减，更多地采用金钱而不是战争的手段去对付帝国的众多敌人。在他的统治刚刚开始时，军队人员的数量超过了50万；如今，人数锐减到区区15万。因为帝国的边境几乎扩大了一倍，军队人员锐减导致没有足够的兵力来戍守全部边境。公元559年，查士丁尼策划的危险游戏终于令他自食其果，一群匈人越过荒芜的边境，距离君士坦丁堡仅剩下30英里。
由于城墙十分坚固，这座城市一直以来安全无虞。但曾经轻松击败哥特和汪达尔王国的皇帝却要在此时此刻躲藏在城墙之后，目睹小小一支蛮族军队在城郊肆意作恶，这简直是奇耻大辱。然而对于查士丁尼而言，不幸的是他此时并没有足够的兵力去惩罚这些无耻的野蛮人，不过，此时城中却还有一位赋闲在家的将军。查士丁尼再一次将这位伟大的将军召到面前，就像过去无数次做过的那样，赋予他最后一项使命。
自从这位将军远离战事以来，已经过去了10年时间，但贝利萨留的智慧却丝毫未曾减少。他临时拼凑了一支几百人的军队，由卫兵、退伍老兵和新兵组成，通过精心策划的伏击战术严重削弱了匈人的兵力，甚至还策划将这些入侵者一直驱逐到边境之外。自从狄奥多拉去世之后，这位将军的过人本领再一次令查士丁尼感到了恐惧，那些曾经的回忆重新聚集到他的眼前，占据了他的心灵。出于一时激起的不光彩的嫉妒之心，皇帝突然解除了贝利萨留的指挥权，选择自己亲自指挥军队。这位如今已年过五旬的伟大将领再一次选择了默不作声地退居幕后，目睹着另一个人将本应属于他的胜利果实据为己有。查士丁尼的指挥策略或许不像他的监视对象那样突出，但依然取得了一定效果。在用钱财贿赂匈人，让他们退出国境之后，皇帝设法煽动一个敌对部落去入侵他们的家园。这确实不能说是一场精彩的胜利，但依然有理由为之庆祝。帝国最终恢复了和平。
在查士丁尼余下的统治时间里，帝国一直维持着和平。贝利萨留自此再未受到召唤，但他的寿命足够长久，得以目睹纳尔西斯在维罗纳粉碎法兰克大军，为这场漫长、血腥的意大利征服战画上了句点。或许当这位将军目睹自己效忠的皇帝的梦想最终实现，他也能够感受到某种意义上的慰藉。虽然最终插上胜利旗帜的人是纳尔西斯，但这并不妨碍贝利萨留感到由衷的欣慰，因为自己毕生的辛苦征战让查士丁尼的梦想开花结果。不论发生何事，这位将军的忠诚之心从未有过丝毫动摇，他默默忍受着所有屈辱不公，始终充当着查士丁尼最为忠实可靠的仆人，而他本拥有将这位皇帝彻底推翻的实力和才能。60查士丁尼此后的生命仅仅延续了8个月，他在83岁高龄的时候于睡梦中寿终正寝，这一天是公元565年的11月14日。61
很少有皇帝像查士丁尼这样，为自己的帝国霸业如此鞠躬尽瘁。事实上，他时常在深夜在迷宫般错综复杂的巨大皇宫中来回踱步，这个场景已经令人习以为常，以至于那些皇宫中的仆从为他们的皇帝起了“无眠者”这样的称呼。在查士丁尼38年的统治生涯中，帝国政府机构、法律系统和经济发展都有了巨大的进步，帝国都城如此深刻鲜明地刻下了查士丁尼的痕迹，至今仍未完全消失。除了图拉真和奥古斯都，查士丁尼治下所扩大的帝国版图面积超越了任何一位皇帝，他的军队所到之处，最终所有国家都重新臣服，整个地中海重新成为罗马帝国的内海。从安条克到罗马，所有城市都是一片光辉壮丽的景象，令人叹为观止，在这众多辉煌之中最为出类拔萃的自然是圣索非亚大教堂的金色穹顶。无数个世纪以来，这座建筑依然伫立于此，光辉闪耀，依然是查士丁尼统治时期最为有力的历史证明，无时无刻不在向1500年之后的我们见证着拜占庭最辉煌的历史时期中的不朽荣光。
查士丁尼人格上的失败或许阻碍了他对伟大将军的全心信任，但这仅仅是减缓了他迈向成功的步伐。他获得的成功是十分惊人的；无数城市因为耳闻他的威名而战栗，无数傲慢的国王、敌方的将领心怀谦卑地匍匐在他的脚下。但最终，他的伟大梦想遭受了挫折，不是因为过度膨胀的野心，却是因为一群传播恶疾的老鼠。
随着时间的流逝，历史的真相越发清晰，相比带来新时代规则的胜利先驱，查士丁尼更像是旧时代里闪耀着的最后一道余晖。整个帝国再也未能出现这样一幅梦想中的强盛统治的图景，也再未有任何一个以拉丁语作为第一语言的人坐上皇帝的宝座。尽管查士丁尼拥有巨大的能量和过人的勇气，古罗马帝国的辉煌岁月依然是黄鹤一去不复返。疯狂肆虐的黑死病夺去了四分之一人口的生命，导致查士丁尼的再征服梦想化为泡影。新的疆土本应为帝国带来更多的财富、更安逸的生活，然而事与愿违，随着疾病的传播，疆域扩大的同时帝国却缺乏相应的人力和财力去守卫新的土地。为了凭借日益稀缺的资源维持这样广阔的帝国版图，查士丁尼和贝利萨留两人的才智和能量都是不可或缺的——他们是拜占庭帝国前无古人、后无来者的两块无价瑰宝。