蔡牵的势力庞大到什么地步呢？他已经取代了清廷水师维护海上秩序，海上商船但凡购买了蔡牵颁发的执照，就能平安无虞地到达目的地。这是官府之外另一种维护秩序的暴力，暴力集团的最终目的总是获利。
清廷对海上活动有很多限制，这是闭关锁国维护统治的一种手段。为了一家的江山，而将全国人民都与世隔绝起来，这显然是一种非常自私，而且违背客观规律的做法。
乾隆末年，海上洋盗势力猖獗，这些活动可能跟安南的新任统治者阮氏家族有关系。当时清廷高层将“海事”“苗事”和“教事”称为对帝国有威胁的三件大事。
这些海洋盗贼的背景复杂，但有一点清政府几乎可以肯定，那就是这些活动背后有安南国王阮光平和阮光缵父子的支持。这些海盗跟今天的海盗没啥区别，他们对海上来往的商船进行打劫获利。海盗的活动严重地损害了清政府的利益，嘉庆刚即位不久，就着手打击海盗活动。
嘉庆任命福州将军魁伦、广东巡抚朱珪、浙江巡抚吉庆缉拿海盗。当时清廷的水师并不足以远洋出行，只能在近海进行搜捕，同时切断海盗岸上的补给。
不久，魁伦缉拿了一百三十名海盗，其中有五十人是无照出海捕鱼的渔民，嘉庆发现这事后，对魁伦进行了严厉的谴责，认为他将无照渔民和海盗混为一谈，分明是冒功。
元月过后，嘉庆谕示军机大臣：海盗长期生活在船上，油盐柴米从哪儿来的？一定是靠沿海的渔民接济，这些渔民卖给海盗食物虽然是为了谋生，但势必助长海盗的气焰，所以一定要对渔民严加盘问。
魁伦后来抓住了一个海上贩子蓝三世，最后虽然查明他并没有向海盗贩卖物品，但为了杀一儆百，魁伦还是把蓝三世处以绞刑。嘉庆获知此事，不但没有责备魁伦，反而夸奖他办事有方法。
由于当时国家危机四伏，嘉庆叮嘱魁伦对海盗采用剿抚并用的手段。盗贼首领纪培投诚之后，嘉庆决定“以盗制盗”，利用纪培缉拿海盗。海盗熟悉海盗，嘉庆用海盗来制服海盗，在当时的情况下是成本最低的一种选择，国家内忧太重，分不出太多的力量对付海盗。尽管如此，在治理海患方面嘉庆还是严格要求的。
嘉庆的老师、两广总督朱珪曾经抓获了一个海盗头目何玉理，发现此人在乾隆五十八年（1793年）就在海上打劫。这本来是应该奖励的，但是嘉庆却降旨责备朱珪，说这个海盗猖獗这么长时间直到现在才抓住，充分说明各级官员办事不力，要求刑部对朱珪严加议处。
朱珪是嘉庆非常尊敬的一个老师，嘉庆应当不至于吃饱了没事去为难自己的老师。当然，很有可能是和珅在乾隆面前说了什么，嘉庆不得不做出一种姿态。由此也足以说明嘉庆对海盗一事的重视。
当时的海盗不仅打劫中国的商船，远洋来华的外国商船也未能幸免。
嘉庆元年（1796年）九月，两广总督吉庆发现了一个英国商人，根据这个英国商人的说法，他乘坐的商船在两个月前被劫持，船中共有十人，其中六人被害，三人被劫走，他侥幸抱着木板漂流逃走。类似的事件经常在中国近海附近发生，以至于英国政府几次提出派遣军队协助清政府征剿海盗。嘉庆当然不能接受这个建议，清政府的主权意识是相当强的，决不允许外国舰船开进中国海域。
不过，英国提出这个问题，足以说明当时海盗情况之严重。海盗的活动，严重地损害了中国的海上贸易。
对于安南阮氏幕后支持海盗的行为，嘉庆当然是非常反感的，不过嘉庆不便公开谴责安南，甚至让下面的人不要张扬。这是从大局来考虑，国内局势很不稳定，不宜跟安南结仇。
嘉庆二年（1797年）正月，两广总督吉庆又上奏发现安南的海盗，请示要不要照会安南国王。虽然已经掌握了一定的证据，但谨小慎微的嘉庆还是主张不声张，他认为不能轻易挑起国家之间的矛盾。
嘉庆五年（1800年）六月，发生了一件特别的好事，这件好事用瞎猫碰死耗子来形容一点都不过分。安南有三十艘海盗船，纠合中国水澳帮、凤尾帮海盗船六七十只，在浙江沿海汇集，准备进逼台州。恰好当时海上雷电交加，风雨大作，海盗船只覆没殆尽。一些抱着浮木，或者泅水上岸的海盗都被定海镇总兵李长庚俘虏。在这些俘虏中，有安南的四个总兵，这足以证明安南政府跟此事脱离不了关系。
这四个总兵被处以极刑，嘉庆把他们的官印归还安南国王——这一招非常厉害，看你脸往哪儿搁，看你如何解释这事。当时安南内战一触即发，安南新旧势力争权夺利呈白热化。新阮代表阮光缵为了讨好清廷，抓住六十多名海盗送往广东，这些海盗可能都是旧阮操控的，阮光缵做出这种姿态，丝毫不能改变他是海盗幕后头头的事实。
但阮光缵讨好清廷的自作聪明的做法，引来了一系列灾难性的后果。许多海盗因此不再相信他，纷纷投降清政府，表示愿意配合清廷消灭海盗。
嘉庆七年（1802年）八月，阮福映打败了阮光缵，为了得到清廷的支持和册正，阮福映抓住海盗首领莫观扶等三人，送到广东正法。经过审讯得知，莫观扶等人本系内地盗犯，后来投靠了阮光缵，阮光缵封他们为总兵，让他们从事海上盗窃。
阮光缵政权覆灭后，海盗问题终于告一段落。新任的阮福映政权在嘉庆的软硬兼施之下，不敢再肆意妄为。
嘉庆八年（1803年）以后，海盗行业发生了一些变化，这一时期海上主要首领是蔡牵和朱㸣。
蔡牵和朱㸣都是海盗行业的元老级人物，在此之前，他们是货真价实的海盗，海上打劫，勒索绑票，无所不为。
蔡牵的势力庞大到什么地步呢？他已经取代了清廷水师维护海上秩序，海上商船但凡购买了蔡牵颁发的执照，就能平安无虞地到达目的地。这是官府之外另一种维护秩序的暴力，暴力集团的最终目的总是获利。
蔡牵出洋的历史非常早，乾隆五十九年（1794年）就在海上活动。嘉庆也很早注意到此人，在嘉庆三年（1798年）八月，他在上谕中点了蔡牵的名，把蔡牵当成江洋大盗中头号通缉人物。蔡牵和朱㸣都是当时海盗集团的头目。蔡牵有百来艘舰艇，朱㸣也有几十艘，舰艇中配备有新式西洋大炮，这些装备比当时清廷的水师还先进。
蔡牵和朱㸣通过垄断海上秩序大发洋财，成为巨富后，他们有了新的目标——将巨资投入到反清活动中。这个转变对嘉庆来说是非常严重的一件事，以前他认为这些人不过是求财，现在才发现这些人根本目的还是推翻清王朝，这些海盗的犯罪活动也由“盗”变成“逆”。
蔡牵和朱㸣不约而同地选择了跟内地反清会党联合，并在台湾和沿海一带攻城略地。嘉庆对此非常担心，让吉庆等人一定要尽最大努力切断海盗与内地反清会党的联系。
嘉庆七年（1802年）五月，蔡牵率领部队袭击了厦门附近的大担山和二担山炮楼，捣毁炮楼，抢走大炮。这是蔡牵第一次向清军主动出击，这次出击的目的不是攻城略地，仅仅是抢夺大炮，但也暴露出了清廷海防的废弛。事情发生后，照例是上面对下面一通责备，要求下面要加强训练、搜捕盗贼，等等。
嘉庆八年（1803年）正月，蔡牵又进攻香普沱山。水师提督李长庚匆匆赶来御敌，蔡牵兵力不足，败走而去。李长庚一路追到福建省三沙洋面，将蔡牵围住。蔡牵眼看就要全军覆没，突然灵机一动，利用闽浙总督玉德贪功的弱点，向玉德诈降，请求玉德不要让浙江水师把自己赶尽杀绝。玉德居然相信了他的话，让浙江水师回港。
然而，当玉德派人前去招降蔡牵时，蔡牵早已逃之夭夭。玉德被耍后，后悔莫及。
蔡牵死里逃生，不敢再心存侥幸，立即耗费巨资打造更先进、更高大、火力更猛的战舰，他打造的巨艇甚至比清廷最大的舰艇还大。总之，这一阶段，蔡牵以加强自己的海上力量为主要任务。
遭受巨大挫折后，蔡牵也意识到盟友的重要性，这次失败也促成了蔡牵和朱㸣的结盟。蔡、朱联合后的第二年六月，首次袭击了清军。其时，温州总兵胡振声率领二十四艘运输船，装载木料送往福建造船。蔡牵和朱㸣袭击胡振声后，玉德让胡振声全力迎敌，打贼众一个落花流水。可惜，福建水师却不支援，不知是不是被蔡牵收买了。
胡振声孤军作战，在蔡牵刚猛的火力之下，船只全部被击沉，八十一名清军包括胡振声本人全部光荣牺牲。
胜利之后，蔡牵和朱㸣又领着水军进攻浙江水师。李长庚带领水师主动迎敌，对面是蔡、朱庞大的舰队，一百一十艘舰艇一字排开，整装待发。面对黑洞洞的炮口，李长庚并没有畏惧，亲自指挥作战。李长庚的战术是将敌舰一分为二，自己带队亲自攻击蔡牵的部队，部将则围攻朱㸣的舰队。
最后，李长庚终于击败了蔡牵和朱㸣。这两人败退后，产生了矛盾，蔡牵责怪朱㸣指挥不力，朱㸣很不服气，带着自己的队伍离开，蔡、朱首次同盟宣告破裂。
李长庚不愧是清廷水师一个出色的将领，嘉庆九年（1804年）冬，李长庚又在甲子洋击败了朱㸣；嘉庆十年（1805年）夏，在青龙港大败蔡牵。
经过这些打击，蔡牵并没有一蹶不振。嘉庆十年（1805年）十一月，他倾巢出动，在台湾登陆，发动了起事以来规模最大的一次战争。也就是在这次进攻中，蔡牵打出了“镇海王”的旗号，换句话说，他不再满足于做一个打家劫舍的盗贼，想当王了。在台湾登陆后，蔡牵立即联络天地会等一些反清的会党，由此形成里应外合的局面，清军防不胜防。
攻克洲仔尾后，蔡牵全歼陈廷梅的部队。随后又攻入凤山，击毙清军千总苏明荣。此时，蔡牵可以说与清廷彻底决裂了，不是你死就是我亡，绝对没有第三种选择。敢造反的人首先要具备的条件是不怕死，其次要有相当的领导能力，还要有非凡的胆识和谋略，否则的话，造反就是活腻了。
蔡牵多少有些胆识，考虑到现在对自己威胁最大的是清军从内陆调来的援兵，所以他命人火速砸沉港口附近的清军大船。一切安排妥当后，蔡牵带着万余人围攻台湾府外围屏障安平镇和嘉义城，这两城的清军选择死守，等待大陆方面的援兵。嘉庆接到台湾方面的急报后，立即调集重兵支援台湾。李长庚率先出动，抵达鹿耳门后，被沉船阻住，未能登陆。李长庚只好绕道登陆，蔡牵退守到洲仔尾。接着，许松年和王德禄在洲仔尾击败蔡牵，此时蔡牵陷入了困境，由于被沉船所阻，他的战舰不能出去，被困在出海口。
到了这个地步，嘉庆也不得不给李长庚施压了。嘉庆给李长庚发了一道谕旨：如果将军能一战抓捕蔡牵，公、侯、伯都不在话下，但如果让蔡牵逃走，恐怕革职审问未必打得住。这等于是逼迫李长庚下军令状，提不到蔡牵的头就提自己的头。嘉庆当然不会真的要李长庚的人头，这是领导的一个手段而已。
蔡牵这次论理是死定了，然而老天暂时还不想让他死。在这个生死存亡的关头，海口处突然涨潮，刮起了大风，沉船被风浪掀起刮走，蔡牵感慨老天有眼，居然飘然而去。官兵们当然是紧追不舍，可惜哪里找得到蔡牵的影子。
蔡牵攻台的计划虽然失败，但是捡回了一条性命，也没有损失主力部队，真是幸运至极。
嘉庆气得直跺脚，将李长庚等人革职。台湾稳定后，闽浙总督玉德被押到京城议罪，他是这次事件所有官员中处罚最重的。事实上，嘉庆早就看玉德不顺眼了，玉德上次被忽悠，致使蔡牵逃走，他尸位素餐，将海防和水师治理得一塌糊涂。
现在我们该说说朱㸣的下落了，朱㸣自从和蔡牵决裂后，有传言说他的坐船被击沉溺亡。事后，人们在广东发现了朱濆的下落。朱㸣也是走投无路，一度想在潮州澄海县接受招抚。
当时新任的两广总督那彦成主张对海贼进行招抚，不过广东巡抚孙玉庭强烈反对，所以，朱㸣想接受招安也不可能。
那彦成是乾隆名臣阿桂的孙子，嘉庆还是比较看重这个名臣之孙的，那彦成年轻时就担任军机大臣，随后又担任工部尚书、都统、内务府大臣等职。可惜，在做官方面，他比不上祖父阿桂，他很难容人。就任两广总督后，他就因为招抚的事情和孙玉庭闹翻了。最终，孙玉庭占上风，嘉庆将那彦成解职。
清廷的政策之所以发生转移，是因为势力对比发生了变化。国内的动乱已基本平定，此时没有必要对海贼进行招抚了，招抚要花费很多钱财，征剿的话相对还要划算一些。
征剿海贼这事还是李长庚最擅长，虽然之前有人弹劾李长庚，但嘉庆不但没有听信谗言，反而把弹劾之人治罪，李长庚因此更加卖力效命。
嘉庆十二年（1807年）春，李长庚在大星屿击败蔡牵。十一月，又在浮鹰山再败蔡牵。最后，将蔡牵逼出近海，此时蔡牵的家当只剩下三艘大船、十艘小船，而李长庚的力量是蔡牵的几十倍。一向沉稳善战的李长庚产生了轻敌情绪，由此犯下了人生中最大的一个错误。李长庚以为稳操胜券，亲自带兵打头阵，冲在最前面，没想到蔡牵一个炮弹发过来，击中了李长庚的船只，李长庚被弹片击中咽喉，流血不止，第二天殒命。
李长庚虽然当场倒下，但清军在势力上仍然占据优势，然而主帅重伤濒死，副将张见陞吓怕了，居然下令撤军。蔡牵这人真是命大，又侥幸逃过一劫。随后，蔡牵逃到安南港口休整。李长庚不久就咽气了，相信弥留之际他最后悔的事情就是当时怎么就那么轻敌呢？
得知李长庚牺牲，嘉庆泪流满面地说：“朕和李长庚素未相识，因为他为国效力，朕屡次嘉奖。没想到他在大功即将告成之前就为国捐躯了，李长庚虽然牺牲了，但贼众经过他多年征剿，已是强弩之末。”嘉庆追封李长庚为三等壮烈伯，赐号“忠毅”，并在李长庚的家乡为他立祠。
然而，张见陞临阵脱逃这一节却没有受到追究，闽浙总督阿林保一向和李长庚关系不好，蓄意庇护张见陞，瞒过嘉庆。
李长庚虽然为国捐躯，但是蔡牵不能不除。随后，嘉庆任命李长庚的部将王得禄为浙江水师提督，专门负责搜捕蔡牵；钱梦虎为广东水师提督，专门收拾朱㸣。
嘉庆十三年（1808年）五月，蔡牵在安南待烦了，又乘风破浪回到福建。不过今非昔比，蔡牵旧部下王铎、王准、郭秋等人多已经投案自首，他的两个义子也被清兵捕杀，蔡牵感到自己势单力薄，寻思着再和朱㸣联手。
于是，蔡牵辗转来到浙江海域，和朱㸣在舟山海域再度联合，可惜两人的势力都大不如前，联合不久就被浙江水师击败。失败之后，蔡、朱二人再次分裂，分裂之后，朱㸣再次坐船出走，在回广东的路上，金门总兵许松年追着朱㸣不放，终于将他击毙在海中。
朱㸣虽死，他的势力却依旧存在，由弟弟朱渥接管。
朱㸣死后，蔡牵的日子更加难过了，势单力孤不说，物资也越来越匮乏。清军采取了封锁策略，断绝了岸上的物资供应，与此同时，还经常派出船队搜捕他，蔡牵不得不经常更换坐船。
嘉庆为了解决闽浙水师的派系斗争，提升王得禄为福建水师提督、邱良功为浙江提督，陕西巡抚方维担任闽浙总督，而阿林保则调离福建。
闽浙水师的派系斗争解决后对蔡牵是一场灾难，他以前还可以利用清军的派系之争找到缝隙生存，现在没有这个机会了。
不久，王得禄和邱良功就将蔡牵包围在定海渔山，激战了两天一夜，蔡牵弹尽粮绝，却始终无法突围。弹药用光了，蔡牵居然用银子当炮弹，而且还打断了邱良功的肋骨。银子的威力毕竟比不上炮弹，换作炮弹，邱良功可能已经步李长庚的后尘了。王得禄也受伤了，还好都是轻伤。
蔡牵真是一个顽敌，王得禄和邱良功都明白，此人今日不除，以后不知猴年马月能够再有这样的好机会。
当银子告罄以后，蔡牵真的是无路可退了。他知道自己这些年来运气一直不错，现在他明白，这些好运害苦了他，他曾经错误地把这些好运理解成天子之命。今天，好运气用完，他自知难逃一死，便用大炮砸沉了自己的船，选择自尽的方式来维护一个造反者最后的尊严。
这事办得让嘉庆很满意，加封王得禄为二等子爵，邱良功为三等男爵。当时，很多人为邱良功打抱不平，说你们功劳一般大，凭什么王得禄的封赏比你高。邱良功倒是一个心胸豁达的人，他笑道：“以前海患不平，全因为派系斗争，现在海患平了，我高兴还来不及，又何必计较这些次要的东西。”
邱良功是个识大体的人，国家的利益远远比个人的一点利益重要，如果当官的都像邱良功这样，像蔡牵这样的人也就没有机会兴风作浪了。
蔡牵死后，“海贼”们知道他们横行海上的日子已经是过去时了，朱渥看清了形势，带着所有的船只人马向清军投降。朱渥给清军送上了一份丰厚的礼物，舰船四十二只，大炮八百多门。嘉庆既然庙号仁宗，自然不至于杀掉投降的人，将朱渥遣散回籍。