准噶尔是一个游牧民族，擅长骑兵，机动性很强，历来讨伐他们就很不容易。清军要想跟他们作战，必须有强大的骑兵。骑兵好找，但如何保障军需是个问题。前线跟内地距离太远，又多是荒漠地带，粮食很容易受到敌人的截击。
康熙亲征噶尔丹时，固始汗后代八家台吉谒见了康熙。康熙封他为亲王，并授予部落里其他的人一定的爵位，这实际上象征着青海和硕特部受到清朝的管辖。
康熙末年，固始汗子孙的势力重新崛起，罗卜藏丹津承袭了亲王爵位，以固始汗嫡孙自居，谋求成为青海和硕特部落的首领。为了达到自己的目的，罗卜藏丹津不惜和策妄阿拉布坦勾结。
雍正元年夏，罗卜藏丹津在察罕托罗海召集各个部落的首领，要大家放弃清朝的爵位。罗卜藏丹津自称达赖浑台吉，要求统驭各个部落。当然，有人要统一，有人肯定不乐意，和硕特的另一个亲王察罕丹津和郡王额尔德尼额尔克托克托奈不赞同，罗卜藏丹津就派兵攻打。
察罕丹津等人逃到甘肃河州，雍正妥善地安置了他们。
针对这场叛乱，雍正采取了两手政策。一面派人给罗卜藏丹津宣布谕旨，让他罢兵修好，如果不这么做的话就会惩治；另一方面，雍正命令年羹尧做好准备，随时准备出兵平叛。
罗卜藏丹津对雍正的警告置若罔闻，反而将责任全部推到察罕丹津等人头上。随后，他假装要罢兵，把雍正的使者常寿诱惑到察罕托罗海，囚禁起来。此外，罗卜藏丹津还和塔尔寺大喇嘛察罕诺门联系，希望他能支持自己。塔尔寺是喇嘛教的圣地，察罕诺门信徒众多，得到他的支持意味着势力的大增。察罕诺门选择支持罗卜藏丹津，顿时，归附罗卜藏丹津的人多达二十万。
得到察罕诺门的支持，罗卜藏丹津如虎添翼，叛乱迅速在青海蔓延，甘肃、四川一带人心也不稳。
雍正元年十月，罗卜藏丹津大军对西宁府周围的南川申中堡、西川镇海堡和北川新城发动了大规模的进攻。年羹尧在奏折中向雍正反映：“叛军包围南川、西川、北川，每处都聚集着贼众两三千人，贼众攻城放火，无所不为。”
警报传到京城，雍正决心用武力平叛，尽管这时国内局势不是很稳定。此时，雍正最能仰赖的就是年羹尧了，他任命年羹尧为抚远大将军，延信为平逆将军，岳钟琪为奋威将军。雍正谕令边防的大臣、总督、巡抚等等全部听从年羹尧的调遣。这时，雍正和年羹尧正处于蜜月期，两人关系非常好，难怪有人怀疑雍正是年羹尧的儿子。
年羹尧接受命令后，立即率军从甘肃来到西宁。随后，年羹尧对战争作出了周密的部署，派兵驻守在永昌和布隆吉河一带，防止叛军作乱；又分兵守在巴塘、理塘、黄胜关等地方，截断敌军的进藏通道。年羹尧还请示雍正让靖逆将军富宁安屯兵吐鲁番，隔断叛军与准噶尔部落的联系。
布置妥当之后，年羹尧下令进攻西宁周边的叛军，一一将罗卜藏丹津的党羽击溃。罗卜藏丹津看到部众这么不堪一击，不由得发了慌，主动送还清廷的使者常寿，向雍正请罪，希望清廷能罢兵言和。
年羹尧虽然有调度权，但这事不好自作主张，便请示雍正。雍正坚定地说，不可以求和，用武力消灭叛徒。
雍正作战态度坚决，十二月，许多蒙古的部落纷纷投降清朝，总计有十万余众。雍正二年正月，岳钟琪先后平定了作乱的喇嘛，在攻打郭隆寺时最为激烈。郭隆寺的喇嘛素来和罗卜藏丹津关系不错，抵抗得非常顽强。岳钟琪是一个能征善战的将领，在他的指挥下，斩了几千个喇嘛的首级，其余的喇嘛纷纷逃到山洞里。最后，岳钟琪用火堵在山洞口，把他们活活熏死了。清军以三千的兵力击败上万喇嘛军队，属于以少胜多，连年羹尧都夸奖岳钟琪厉害。
二年二月，年羹尧召集各路将领商议，年的意思是调兵两万，从西宁、松潘、甘州、布隆吉河四个方向会攻。岳钟琪提出意见说，青海地域辽阔，敌军不下十万，如果我军分散的话，反而会四面受敌，不如趁着春草未生，派出五千精兵，直捣敌巢。
雍正经过慎重考虑，决定采纳岳钟琪的建议，让岳钟琪负责这次作战。二月初八，岳钟琪领军出击，经过一昼夜的时间，找到了敌人的巢穴。此时，敌人还在睡梦中，听说敌军偷袭，仓皇之态可想而知。罗卜藏丹津为了逃命，居然穿上女人的衣服，连夜逃往准噶尔。岳钟琪穷追不舍，每天追三百里，一直追到桑罗海，最后无路了，才归还。虽然岳钟琪没有抓住罗卜藏丹津，但俘获了他的母亲和妹妹，还有其他一些部落的首领。
这场战役历时十五天，杀敌八万，收降数万，获得牲口和武器无数。雍正说这次胜利是十年以来从未经历的奇功。雍正很高兴，封年羹尧为一等公，岳钟琪为三等公。
不久，年羹尧又肃清了叛军的残部。
平定青海叛乱后，年羹尧提出了十三条善后建议，雍正全部接受了。这些建议分别是：
一、根据青海和硕特诸部对战争的不同态度，分别给予奖赏或者惩罚，恩威并用，以此警示那些反复无常的部落。
二、仿照喀尔喀蒙古，实行札萨克制度，给和硕特各个部落制定游牧地，编为佐领，授予佐领为札萨克。让他们内部不能互相征战，也不能反抗中央。各个部落每年举行一次会盟，盟长由大清皇帝制定，不许他们私自推选。
三、以前和硕特人进贡没有规律，现在将他们的部落分成三班，三年一班进贡一次，九年一个轮回，进贡时马匹骆驼自备。和硕特人和内地的贸易，指定在西宁和西川口外的日月山进行，每年交易四次。
四、在青海的喀尔喀蒙古人，以前受到和硕特的统治，为了分化和硕特，允许喀尔喀设置佐领，建立札萨克，听命于中央政府。
五、青海的藏人原本受制于和硕特，需要定期缴纳赋税。现在应该把这些藏人统一编户籍，设立卫所，由我们来收税。再挑选一部分藏人任命为千户、百户、巡检，他们负责帮我们收税，我们收的税最好要比他们之前交给和硕特部落的要少，以便抚慰。
六、应该安抚达赖和班禅这些人。譬如，每年赏赐五千斤茶叶给达赖，班禅两千五百斤。过去藏人和内地贸易，要两处交税，既要交给清军，又要交给达赖。为了促进贸易的发展，不如两地都免收税。
七、整顿青海的喇嘛寺。喇嘛寺是这次叛乱的一个重要力量，而且这些喇嘛寺特别大，多的有几千人，少的也有五六百人。这些喇嘛收钱收粮，很容易成为叛乱势力的温床。所以，最好规定每个喇嘛寺里不准超过三百人，而且不能收税，他们的衣食住行由政府解决。
八、从西宁到北川口、大通河、野马河、甘肃扁都口，这些地方应该沿途建设一些城堡和土墙，严禁蒙古人进入这里游牧。
九、在西宁这些地方应该增加驻军，以便随时弹压。
十、在藏人居住的许多地方，应该设置驻军。
十一、设立一些新的军营，相应地减少一些旧的军营人数。
十二、在西宁和甘州、凉州之间，屯田种地，将直隶、山西、河南、山东、陕西等流放的犯人押到这里干活。
十三、年羹尧从西宁撤回西安，办理川陕总督的事务，岳钟琪留兵四千，负责善后。
年羹尧还提出禁止青海十二事，雍正认为他的建议周密有效，都采纳了。平定叛乱，再加上这些善后措施，使得清政府有效地控制了青海。在康熙时期，中央政府对青海的控制还停留在间接统治的层次上。
青海平叛虽然名义上解决青海蒙古人叛乱的问题，但其实也涉及西藏问题。青海与西藏毗连，稳固了青海，有助于解决西藏问题。成功解决青海叛乱问题，固然有年羹尧、岳钟琪等人的大功，但也离不开雍正的英明决策。雍正一开始想通过和平手段解决问题，可惜行不通，之后便坚决主张武力，哪怕罗卜藏丹津再三请罪请求息兵，雍正都不答应。这次胜利，充分显示了雍正用人的高明，他将大权委任给年羹尧，同时又给岳钟琪充分的自主权。比如，岳钟琪曾经上奏给雍正，说军情千变万化，请求不必事事先请示年羹尧再行动。雍正批道：“朕信得过你，凡事都以持重为上。西边有年羹尧和你两位，朕可以高枕无忧了。希望你们快点成功，早点传来捷报。”
如果不是雍正充分放权，信任年羹尧和岳钟琪这样的人，平叛不可能如此顺利。
青海问题解决后，便是西藏的问题。
在雍正刚继位的时候，四川巡抚蔡珽上奏从西藏撤兵，根据蔡珽的说法，这样做的目的是安定八旗的人心。雍正认为这种想法极为荒唐和孟浪，用雍正的原话说就是“以皇考举行此事为非”。有意思的是，这段历史是篡改过的，雍正当时其实是赞同蔡珽的看法的，后来局势发生变化，为了体现自己的英明，雍正改写了这段历史。
实际上，在元年的时候，他已经将驻藏军队撤到四川的察木多（今西藏自治区昌都）。所以说，雍正刚继位的时候，对西藏的控制不仅没有加强，反而放宽了。
雍正初年，西藏内乱酝酿，雍正将铁手伸向西藏，加强对这个地区的控制。这一年，西藏五个噶伦矛盾冲突越来越激烈，大家知道噶伦是康熙设置的官位，用来分化西藏的势力。五个噶伦又分成两派，一派以贵族康济鼐和颇罗鼐为代表的后藏势力，另一派以阿尔布巴、隆布鼐、扎尔鼐为代表的前藏势力。七世达赖的父亲索南达杰支持前藏势力，刚开始，两个派别都忙于防范准噶尔，所以彼此的矛盾掩盖了起来。
平定青海叛乱后，雍正故意提拔康济鼐，让他骑在阿尔布巴等人的头上。作为一名贵族，阿尔布巴地位比康济鼐高，实力也更强，甚至得到了七世达赖父亲的支持，雍正这么做分明是挑起他们内部矛盾。阿尔布巴公开表示：“我跟康济鼐的功绩一样，同受大清皇帝恩宠，名声和地位都一样，如果让我给别人提鞋，我可不愿意。”
雍正三年六月，驻军西藏的四川总兵周瑛奉旨回京，第二年，驻扎在西藏的礼部侍郎鄂赖也奉旨回京。结果，西藏的事情就完全交给西藏人自己处理，佛父索南达杰趁机干政。
三年十一月，雍正派遣鄂齐、班第等人再次入藏，阿尔布巴等人得知这个消息，亲自到察木多迎接。四年六月，鄂齐等人抵达拉萨后，宣布康济鼐为“总理”，阿尔布巴充当康济鼐的下手，为“协理”。鄂齐还表示雍正希望康济鼐和佛父索南达杰一同进京。
对此，阿尔布巴很不满，佛父是同情阿尔布巴的，也很不满。其时，川陕总督岳钟琪派遣参将王刚随鄂齐入藏，王刚回来后，告诉岳钟琪：“阿尔布巴等人和康济鼐见面时，虽然极为恭谨，看上去也特别和气，其实这些人私下里沆瀣一气，故意把康济鼐孤立了起来。钦差刚到西藏时，达赖的父亲看上去特别高兴，踉跄迎接，后来听说要让他和康济鼐一起赴京，马上又称病，推辞不去。很明显，阿尔布巴这些人和他们的领导康济鼐貌合神离，有叛乱的倾向。”
岳钟琪第一时间将这些情报转达给雍正，雍正担心阿尔布巴这些人在西藏闹事，更害怕他们和准噶尔勾结，雍正指示岳钟琪要做好准备。此外，雍正接受鄂齐的建议，革掉隆布鼐、扎尔鼐两人的噶伦职位，孤立阿尔布巴。
五年正月，雍正正式任命内阁学士僧格和副都统马喇为驻藏大臣，阿尔布巴得知这个消息后，决定先干掉康济鼐和颇罗鼐两人，再造成西藏控制在自己手中的既成事实，迫使清政府承认。
六月十八日，阿尔布巴勾结隆布鼐等人，经过精心的策划，借口噶伦议事的机会，在大昭寺中将康济鼐一伙人杀死。不久，他们又进攻后藏的颇罗鼐。
七月二十日，雍正派出的使者来到距离拉萨只有三天路程的地方，阿尔布巴派人去迎接说：“现在七月是黑运月，此时入藏非常不吉利，你们还是八月来吧。”阿尔布巴想拖延时间，打败颇罗鼐。
后来八月来了，阿尔布巴也没有打败颇罗鼐，只好十里外跪迎钦差大臣。僧格和马喇到了后，连忙询问康济鼐被杀之事，七世达赖称这件事情跟自己没有关系，阿尔布巴则顾左右而言他，说颇罗鼐是个叛徒，不出几天就可以把这个人击败。
僧格等人了解到实情，立即汇报给雍正帝。雍正命令陕西、四川、云南等各路兵马做好准备，以备调遣。雍正认为，只要出兵西藏，将达赖喇嘛迁到西宁，西藏就可以永远无事。后来，他深入考虑到，如果出兵的话，万一阿尔布巴狗急跳墙，挟持达赖逃亡准噶尔，那等于是让事情进一步恶化。所以，雍正决定暂不出兵，岳钟琪不赞同这种观点，他深知事情的严重性超出了雍正的预料之外。
岳钟琪说，阿尔布巴勾结达赖及其父亲，他们狼狈为奸，形成党派，为了自身的利益，公然杀害朝廷命官，如果这样的人都不除掉，西藏后患无穷。岳钟琪建议在春暖时节派大军入藏，同时发兵讨伐准噶尔，同时解决两个大麻烦，岳钟琪还建议先解除阿尔布巴的职务。不过，鄂尔泰并不赞同这种看法，他认为“以抚为上，剿杀次之；羁縻为上，驾驭次之”。
雍正陷入了极大的矛盾之中，他既不赞同鄂尔泰的主张，又不敢按岳钟琪所说的出兵，他非常担心阿尔布巴挟持达赖潜逃准噶尔。犹豫来犹豫去，他只好让岳钟琪派人前往拉萨，告诉僧格、马喇等人不要受阿尔布巴的迷惑，要心里明白，凡事偏袒颇罗鼐一方。
十一月中旬，事情出现了转机。阿尔布巴因屡屡不能战胜颇罗鼐，居然请求清政府出兵入藏。接到这个消息，雍正喜不自禁，立即答复说来年春天就出兵入藏。没多久，准噶尔的首领策妄阿拉布坦逝世，真是天助雍正。
六年五月，清军分南北两路向西藏进发，北路由左都御史查郎阿、副都统迈柱率领八千四百人，南路由四川总兵周瑛率领四千人，两支部队同时入藏。六月十五日，周瑛接到消息，颇罗鼐已经占领了拉萨，擒拿了阿尔布巴等人，正等候清朝官员过来审理呢！
清军进入西藏后，按照雍正说的，诛杀了叛乱分子阿尔布巴等人，颇罗鼐被封为贝子，代替康济鼐，总理西藏事务，雍正还特地赏他三万两银子。
平定了阿尔布巴叛乱之后，清朝进一步加强了对西藏的控制和管理。清朝一方面将西藏的政务委任于颇罗鼐一身，另一方面在西藏设立办事衙门，派遣驻藏大臣两人协助颇罗鼐管理。此外，还留了两千士兵在西藏。
派遣驻藏大臣的同时，清廷还决定将七世达赖父子移送到内地，雍正已经清醒地意识到，达赖父子是作乱的根源。
青海叛乱虽然平定了，但是准噶尔那边又不安分了。策妄阿拉布坦死后，他的儿子噶尔丹策零继位。噶尔丹策零扬言说要送回康熙年间掳走的拉藏汗的两个儿子，换句话说，就是要干涉西藏内政。
前面说道，雍正二年时，岳钟琪曾经打败罗卜藏丹津。罗卜藏丹津带着两百人逃到准噶尔，被策妄阿拉布坦所收容。清政府再三索取罗卜藏丹津，策妄阿拉布坦却始终不肯交出来。一时间，清军和准噶尔在边境地带对峙起来，气氛紧急，剑拔弩张。
策妄阿拉布坦死后，他的儿子噶尔丹策零接替。雍正决定一鼓作气解决准噶尔问题，在西藏问题上，雍正习惯将西藏问题和准噶尔问题一起考虑。雍正说：“西藏和准噶尔的事情，跟安南（越南）、俄罗斯等海外国家不一样，其关系到内蒙四十八旗，还有西海蒙古、喀尔喀蒙古人的问题。准噶尔一天不安静，西藏的事情一天就办不好，西藏问题如果没有处理好，蒙古部落肯定心怀二心。这是国家社稷的大问题啊！”
在雍正看来，西藏和准噶尔关系非常密切：准噶尔安稳了，西藏这边也不会生事；准噶尔如果很不平静，那么西藏这边也会有动荡。雍正认为，之所以这样，主要是因为喇嘛教，不论准噶尔还是西藏人，都相信喇嘛教，换句话说，达赖是他们的宗教领袖。只有达赖才能控制局面，所以一旦发生混乱，各方势力都争夺达赖。
雍正决心抓住机会，趁着西藏平定、策妄阿拉布坦去世这样的好机会，出兵准噶尔。雍正让岳钟琪做好准备，兵分两路，准备讨伐准噶尔。
准噶尔是一个游牧民族，擅长骑兵，机动性很强，历来讨伐他们就很不容易。首先，清军要想跟他们作战，必须有强大的骑兵。骑兵好找，但如何保障军需是个问题。前线跟内地距离太远，又多是荒漠地带，粮食很容易受到敌人的截击。雍正最开始打算用驮马运输，但成本太大，行动不方便，很容易成为敌人的目标。
岳钟琪提出了自己的建议，他提出车战的办法，具体思想是将运输和作战合为一体，并且通过车体作为掩护。按岳钟琪的说法，战车长五尺，宽两尺，一个人推，四个人保护，大家轮流推。一车五人，五车为一伍，五伍为一乘，四乘为一队，十队为一营。军需放在车上，驻防时，大家以车作营盘，打仗时，两队冲锋陷阵，三队紧跟着，其余五队围绕着营盘环护，堵杀冲入大营的敌军。
雍正接受了这个建议，下令打造战车，并密令各省督抚选出一些士兵，充作运粮兵。
七年二月，准备工作到位后，雍正历数准噶尔首领的罪恶，说新继任的噶尔丹策零毫无悔改的意思，对准噶尔用兵是完成圣祖未竟的事业。雍正照例走走形式，让大家讨论一下该不该用兵，尽管反对意见很多，但只是个过场。
三月，雍正下令两路大军同时出发，讨伐准噶尔，北路由靖边大将军傅尔丹率领，屯兵阿尔泰山，西路由宁远大将军岳钟琪率领，双方会师后攻打伊犁。
噶尔丹策零听说岳钟琪率军两万出哈密，派出使者来到岳钟琪的军营，使者告诉岳钟琪，罗卜藏丹津密谋杀害噶尔丹策零，阴谋未遂被抓，噶尔丹策零准备把他献给清朝。噶尔丹策零的意思很明显，希望雍正不要发兵，自己会跟清廷好好合作的。
岳钟琪将这个情报告诉了雍正，并声称自己怀疑噶尔丹策零的诚意。雍正想了想，让两大将军暂停行军，并召他们回京，面授方略。然后，雍正给噶尔丹策零发了一个谕令，让他请求封号，并将他所有的部下都编旗分佐领。
雍正的谕令毫无疑问让噶尔丹策零非常恼火，正好，岳钟琪回京了，噶尔丹策零率军两万袭击了科舍图的清军，来个先下手为强。岳钟琪和傅尔丹回京后，提督纪成斌和副将军巴赛分别暂时代管他们的将军印。科舍图距离纪成斌的大营比较远，纪成斌完全没有料到噶尔丹策零会来这一手，噶尔丹策零乘虚进入科舍图牧场大肆劫掠，总兵樊廷、副将冶大雄率军两万赶来救援，后来，张元佐总兵也赶过来救援。激战了七天七夜，总算夺回了大部分的骆驼和马匹。
雍正嘉奖了樊廷等人，将纪成斌降为副将，并让北路军的副将查弼纳赶过来支援西路军。科舍图的失利应该说是雍正决策的失误，他误信噶尔丹策零之言，将主帅召回，导致军机延误。但雍正却责怪岳钟琪，甚至怀疑他搞鬼。九年二月，岳钟琪奏议军机事宜十六条，雍正却说他的奏折无一可取之处。后来，又派人监视岳钟琪，时常责备岳钟琪，说他带着两万九千人马，一味防守，不知御敌，调度无方。五月，雍正任命石云倬为西路军副将，名义是协助岳钟琪，实际是牵制他。满人查郎阿在岳钟琪出兵的时候，就代理川陕总督，岳钟琪事实上又受到查郎阿的限制。事实上，此时的岳钟琪受到重重的监视，这无疑打击了他的积极性。
九年六月，噶尔丹策零得知西路军牲口匮乏，不能进攻，便派遣大小策凌敦多布率军三万进攻北路军。进攻之前，噶尔丹策零先派人向傅尔丹诈降，傅尔丹有勇少谋，未能核实敌情，就轻信了他们，由准噶尔人领头，率领一万人前进，企图击破博克托的准部。副都统定寿、海国、永寿这些人虽然极力苦谏，说敌人可能是使诈，不要轻敌前往，但傅尔丹就是听不进去。
六月二十日，傅尔丹率领军队进入敌人的埋伏圈，两万多准噶尔部队对清军发起了猛烈的攻击。当傅尔丹派出增援部队时，清军的前锋部队已经被击溃。这一战清军大败，退到科布多。
失败的消息传到雍正耳朵里，雍正为了掩饰，不但没有怪傅尔丹，反而说：“这一战损兵败绩，固然有罪，但朕也有不是，是朕在条件不允许的情况下逼着傅尔丹出战，所以宽恕傅尔丹的过错。”
雍正甚至把自己的腰带赐给傅尔丹，说：“朕知道你们很愤怒，知道你们很想报仇，但还是希望你们理智。敌人即使来了，也不要轻易追击，如果能坚守，你们就算是有功劳了。如果科布多难守，可以退到察罕瘦尔。”
大胜清军之后，噶尔丹策零的野心不断增长。九月，噶尔丹策零让小策凌敦多布率领六千骑兵，作为先锋，向克鲁伦河方向进攻。大策凌敦多布拥兵两万，作为后援。喀尔喀亲王丹津多尔济率领部众阻击，重创小策凌敦多布，斩杀了敌方的巴图鲁。
傅尔丹失利后，岳钟琪请求由自己派兵进入乌鲁木齐，雍正经过反复权衡，最终同意了。岳钟琪兵分三路，攻向乌鲁木齐，乌鲁木齐附近的敌人纷纷迁徙，死伤甚重。
十年二月，噶尔丹策零派六千人骚扰哈密，其时，岳钟琪屯兵巴里坤，拥兵三万。当时是冬天，大地积雪，不方便作战。哈密那边发来求救信号，岳钟琪命曹勷前去救援，曹勷在二堡附近打败敌人。岳钟琪又让石云倬截断敌人后路，岂料石云倬动作迟缓，让敌人提前逃走了。
事后，岳钟琪弹劾石云倬，结果雍正反而责备岳钟琪，说他思想游移导致战守混乱，要他好好反省以观后效。鄂尔泰也趁机弹劾岳钟琪，说他身为大将军，在边疆只手遮天，然而智谋不足以料敌，勇敢不足以在战场上歼灭敌人，玩忽职守。雍正一听，连鄂尔泰也说你不好，削去岳钟琪公爵和少保头衔，降为三等侯。后来，雍正又把岳钟琪召回京城，当面指责他：“掌管国家军旅重务，却把这些事情视同儿戏，而且赏罚不公，号令不一，平时不体恤将士，也不善于接受别人的建议，为人刚愎自用。”
随后，雍正命查郎阿代理岳钟琪的职务，查郎阿是满人，雍正等于是把西路军最高统治权交到满人手里。雍正任命张广泗为查郎阿的副将，张广泗到了以后，说岳钟琪的车骑营战法根本不适合西北地区，而且岳钟琪在统兵作战这方面也毫无章法。查郎阿也对岳钟琪很不满，于是参劾了岳钟琪、纪成斌、曹勷等人，雍正下令将纪成斌、曹勷这些人立斩于军营，至于岳钟琪，先囚禁起来。
雍正十二年，大学士奏议将岳钟琪处死，雍正没有作出决断。
十年六月，噶尔丹策零率领大军越过阿尔泰山，傅尔丹在乌逊珠勒与其会战，结果大败。噶尔丹策零于是轻松来到杭爱山，抢夺了哲布尊丹巴呼图克图的土地。八月，噶尔丹策零袭击喀尔喀蒙古中最强大的部落策凌部落，策凌是大清的额驸、和硕亲王、喀尔喀大札萨克，驻在本博图山。当他听说噶尔丹策零偷袭自己的领地，掠夺自己的子女时，非常愤怒。他割断头发和马尾誓天，亲率两万蒙古兵驰援，同时急报顺承郡王锡保，请求他同时出兵，两路夹击敌人。
策凌带着两万人半夜时分从小道上山，到了第二天早上，犹如一群天兵天将出现在准噶尔部队的上面。策凌的人马从山上疯狂往下冲，很多准噶尔人还在睡觉，来不及准备就被踩得人仰马翻。准噶尔的部队无法应战，只能仓皇逃窜。
策凌穷追不舍，一直将噶尔丹策零追到鄂尔浑河边的额尔德尼昭（光显寺），这个地方左边是大山，右边是大水，无路可逃。策凌见状，率领大军对准噶尔进行一番杀戮，杀死了上万敌人，山谷里到处是尸体，河水几十里都是红色。
到了夜晚，噶尔丹策零率军突围而出，从推河逃走，什么辎重牲畜啊，都来不及带走，全部都塞到山谷，以阻碍追兵。
策凌和锡保给驻扎在拜达里克城的将军马尔赛发了一封信，请他出兵拦截噶尔丹策零。马尔赛手中有一万三千的人马，如果出城拦击的话，可以全歼噶尔丹策零。但不知为何，马尔赛却拒绝出兵，尽管他手下的副将达尔济苦苦请求，副都统傅鼐也急切希望出兵。
当将士们看到逃窜敌军完全没有阵形，居然不顾主将的反对，自己出去追敌，结果斩获了千余名敌人。不过，敌人的首领噶尔丹策零早已逃走。这次战役策凌居功甚伟，雍正封他为超勇亲王，大加赏赐，并授予他为定边副将军，屯兵科布多。那个拒绝出兵的马尔赛被斩首。傅尔丹作战不力，削去官爵，留在军营里戴罪立功。锡保临阵怯懦，被罢免靖边大将军职位，年轻的多罗郡王福彭取而代之。
自从张广泗来到西路军后，军容有所改观，壁垒坚固，贼兵来了就会受创伤。
光显寺大败后，噶尔丹策零元气大伤，派人来请和。雍正看到出师这么久，没什么战果，便下令停止进攻。十一年五月，雍正召集策凌、查郎阿等人进京，讨论要不要继续开战。策凌、查郎阿主张继续打，张廷玉却主张议和，认为先安抚为上策，如果准噶尔不老实的话，再征剿不迟。大学士傅鼐很赞同张廷玉的意见。雍正最后决定议和，派遣傅鼐和阿克敦与准噶尔谈判。直到雍正死，谈判也没有达成最终协议。最后，这个烫手的马铃薯交给了乾隆。
雍正在西北两路用兵，总的说来是没有收到很大的效果的。作为最高领导者，他的决策失误和用人失败是用兵失败的最根本原因。
雍正对于准噶尔的情况不是很了解，策妄阿拉布坦死后，他认为这是向准噶尔进攻的最好时机。事实证明，他判断失误，继位的噶尔丹策零也不是什么省油的灯。此外，噶尔丹策零用计说送罗卜藏丹津进京，雍正听信了他的话，结果延误军期，挫伤了士卒的锐气。作战之后，清军接连败北，如果没有策凌的两次胜利，清军就血本无归了。
北路军几次失败，跟雍正的用人有很大的关系，北路军先后用了三个主帅。首先是傅尔丹，其次是锡保，最后是马尔赛。
傅尔丹这个人有勇无谋，担任靖边大将军时，轻信敌人，惨遭失败，后来担任振武将军，也不能克敌制胜。事实证明，傅尔丹这个人没有统帅之才。据说，有一次岳钟琪和傅尔丹商量军机大事，岳钟琪亲自来到傅尔丹的帐中，看到墙壁上挂满了兵器。岳钟琪问他有什么用，他说这是我平常习武用的兵器，挂在这上面可以激励全军将士。岳钟琪出来后，说道：“身为一个大将军，不靠谋略，而仰仗勇武，离失败也不远了。”
顺承郡王锡保根本不是打仗的料，他是个八面玲珑协调关系的人，雍正让这样的人当大将军无非因为他是满人。马尔赛也是一样的，至今人们还猜不透他当时为什么不拦截穷寇。福彭为人比较老成狡猾，深得雍正的信赖，可惜他也不是大将军的料，担任大将军期间，也没有什么作为。
岳钟琪是一个优秀的将领，跟随年羹尧平定青海叛乱时已经显出了自己的才能，也正因此，雍正对他期望很高。可是在科舍图刚一失利，雍正就把责任推到岳钟琪身上，对他又猜忌又贬损，让人把岳钟琪严密监视起来，让庸才查郎阿取代岳钟琪。
在整个过程中，我们发现雍正用人的另一面，根据个人的好恶奖惩，没有依据客观的赏罚标准。傅尔丹在和通绰尔失败后，雍正不但没有处罚他，反而赐给他御用腰带，后来傅尔丹再败，雍正也只是象征性地削他的爵位。与傅尔丹形成鲜明对照的是岳钟琪，雍正刚开始的时候对岳钟琪宠信有加，科舍图失利，主要责任在雍正自己和纪成斌，敌人在哈密逃跑，罪在石云倬，结果雍正处罚岳钟琪，将他下狱论死，这种奖惩带有很大的任意性。
说白了，还是满汉地位的不平等，汉人将士的地位比不上八旗将士，这种不平等导致了赏罚不公。赏罚不公难免会让军心不稳，绿营士兵难免会对上面不满，影响了士气和战斗力。这时的八旗军早已失去了努尔哈赤、皇太极时代的那种拼搏精神，他们安逸惯了，讨厌征战，但绝不是和平主义者。在他们看来，打仗是一件非常苦的事情，马尔赛就是其中最典型的一个人。马尔赛公开说：“做大将军还不如发配到黑龙江安逸舒服。”
这样一个大将军会统率怎样一群士兵呢？不用想也知道，偏偏雍正对汉人不信任，要用窝囊废制约和监视像岳钟琪这样的人。所以，西北两路用兵基本上是失败的。
尽管如此，也不能完全抹煞雍正的功绩，策凌的两次胜利毕竟给予准噶尔以致命的打击，从而让他们主动求和，为乾隆解决准噶尔问题奠定了基础。
最后说说岳钟琪的命运，雍正毕竟还是明理的人，没有让岳钟琪重蹈祖先岳飞的命运。但岳钟琪也在班房里蹲了五年，乾隆即位后，释放了他，但此时岳钟琪已沦为平民。乾隆十三年，因为用兵金川，乾隆想起了曾经叱咤风云的岳钟琪，重新启用他。岳钟琪不愧是将才，在金川之战中立功甚伟，为了嘉奖他，乾隆恢复了他的爵位，封太子太保，授三等公，赐号“威信”。
乾隆十五年，西藏发生叛乱，岳钟琪以六十四岁的老迈身躯前去平叛，再立战功；两年后，岳钟琪又负责平定杂谷土司苍旺之乱；又过了两年，重庆人陈琨叛乱，岳钟琪前去平定，这次平叛是他人生的终点，在凯旋的路上这颗将星终于陨落，终年六十八岁。