解放战争结束后，四野部队于1950年投入抗美援朝战争。出于政治考虑，日本医生、护士没有随军出国，被分配到地方军区医院或转业到地方工作。新井侃教授被分配到南昌陆军学校当医生，过上了和平生活，他开始思念家乡。一些日本同志向组织上提出回国的愿望。1951年底，组织上告诉新井：中国政府正在考虑协助日侨回国，于是就有了1953年中日红十字会的谈判。
在协助日侨回国的过程中，承担任务最多是中国人民解放军的各级政治部门。这次日侨回国任务最关键的部分，就是如何保证在解放军中工作过的日籍人员安心和安全地回去，开始新的生活。中央安排日侨回国的指示下达后，东北、华北军区政治部开始认真落实各项工作。首先是摸底、调查，华北军区1953年12月给军委总政治部的报告中说：“集中回国之日侨，除少数来自地方工矿企业外，绝大部分是日本投降后在我军服务过的。他们在我党我军六七年的教育下，政治觉悟、思想水平均有所提高，有的在实际革命斗争中经过一定考验和锻炼，在工作中一般积极肯干，有三分之一的人立过功。从日侨的档案材料中看出，各级党政机关对他们的政治面目及历史情况是了解较清楚的。”[7]
调查工作结束后，军区政治部将日侨集中，进行动员工作。日侨多数人希望回国，但也有顾虑。有的认为自己是解放军，不是日侨，不够回国条件。有人怕回国受迫害，怕找不到职业无法维持生活。组织上首先肯定了他们参加中国革命斗争的贡献和功绩，向他们讲明了国际局势及中日两国人民友好的前景，指出现在具备了回国的条件，消除大家的顾虑。有些日侨准备回国就干革命，组织上又向大家阐明了革命斗争的长期性、曲折性，让他们回国后要适应日本的环境，过安定生活，不要轻易去搞革命斗争。
为了让这些日侨回国后能正常生活，组织上为他们发放了资助金。元木和男说，当年按日本医生、护士的级别和工资待遇，比照军队干部复员转业规定，每人补发了半年的工资，在国家外汇还十分困难的条件下，兑换成港币。这笔钱当时在经济凋敝的日本，是一笔相当大额的款子，基本上可以保证在日本作安家置业的费用。
军区政治部还有一项重要工作，就是隐秘这些日侨的身份，避免他们回国后受到右派的迫害和当局的监视。组织上要求日侨交回军用品和军装，以及所有能证明他们在军队工作的物品。在四野工作的日本战友都获得了三枚纪念章和一枚奖章，这是他们光荣和珍贵的历史纪念。他们回国时，组织上要收回这些奖章。他们感到十分惋惜，非常舍不得。考虑到当时日本政府对华的态度，从爱护和关心他们的角度，向他们讲明了道理。日本战友识大体、顾大局，他们要求在情况允许时，发还给他们这些用生命和血汗获得的珍贵奖品。中国政府和军队答应暂时保管，今后情况允许一定发还。
穿着中国干部服装回国的日本友人
收回了军装，组织上为日侨购置了便衣，就是当时中国流行的蓝色人民装和干部帽，还有棉被、暖瓶等日用品。据华北军区政治部给总政治部的报告，总计换装费、资助费共开支四十一亿元人民币（旧币，一万元抵新人民币一元）。当日侨登上回国的轮船时，知道内情的人从他们穿着的统一的人民装，还是能识别他们的身份。
为了保证日侨安全回国，军队政治部门实行了严格的保密措施。即使是外交部当年参与日侨回国谈判的人员，也不清楚这些在解放军中工作的日侨情况。做好各项准备工作后，军委总政治部向外交部提供了第一批回国的日侨清单。其中“东北各系统日本人分布状况表”中，“军队关系”栏登记的日本侨民统计，“军区直属”579人，“卫生部”2730人，“军工部”1074人，“军需部”174人，共计4557人。“关内日本人分布概况表”中“野战卫生部”2034人，这些人都是军队人员。太原市1000人，察哈尔大同县300人，注明“捕虏”，说明他们是“蚂蚁部队”的战俘。
关于“蚂蚁部队”的处置，华北军区政治部1952年11月给军委总政治部的报告说：“永年训练团共有日俘707名，连同家属361名，合计有1068名。其中经过审查，罪大恶极确定为战犯移交地方公安机关管押者106名；罪恶不大以及有些嫌疑的日侨编为劳动大队者601名。对战犯的处理已与最高人民检察署和华北行政委员会商妥，移交山西公安厅全部接管。劳动大队与中财委联系，已决定由中央农业部接收，农业部已决定将这些人遣往西陵从事农林垦植和修建工程。”[8]在确定这些日本战俘及家属回国前，组织上对永年训练团中的人员又进行了一次政治审查，查出历史罪恶较大、血债较多、现思想仍反动者5名。这少数几个人与先前移交山西公安的战犯一起关押，其余多数“蚂蚁部队”成员被遣返回国。
由于中国政府和军队部门事前做了大量细致的准备工作，1953年1月日本三团体代表团到北京后，谈判进行得很顺利。在谈判之前，周总理让廖承志会同外交、公安等部门开会研究，进行充分的准备。我方制定了谈判要点和有关对策。这次日侨回国，不同于以往的“遣送”和“撤退”，而是中国红十字会受政府委托，协助愿意回国的日侨回国。与日方谈判的范围仅限于协商日本来船的手续及有关日侨回国的各项具体问题。中方向日方提供了分期分批回国的日侨名单，凡是愿意回国的日侨，中方都尽可能地提供方便。在谈判过程中，日本三团体与中方密切合作，1953年3月7日，中日两国红十字会签署了《关于商洽协助日侨回国的公报》，确认由日本政府派轮船接日侨回国。中方指定天津、秦皇岛、上海三个港口为日侨集中和登船地点。第一批回国日侨约5000人，以后根据申请回国的日侨人数和来船情况，每20天为一个周期，运送日侨回国。
1953年3月22日，日本第一艘客轮“白龙丸”抵达天津塘沽港，九百余名日侨登船回国。日本方面对国民归来也很重视，在新闻报道中没有使用“遣返”这类词语，而使用一个新名称“引扬”。随后“兴安丸”到天津港接运日侨，随船有十几名日本记者来访。他们看到了中国政府和人民对日侨回国的关心照顾，也被中日两国人民的友谊所感动。日本三团体邀请中国红十字会代表团访问日本。1954年10月30日，以李德全为团长的中国红十字会代表团一行10人，经香港到达东京。在13天的访问过程中，受到日本各界人士和群众的热烈欢迎，日本政府官员也会见了代表团，表示中日两国应当友好往来。这次访问堪称“破冰之旅”，打开了中日民间往来的大门。而作为“破冰之旅”的主体，就是那些在解放战争中做出贡献的日本战友。
20世纪50年代回国的日本友人